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甲型流感病毒H5N1亚型（英语：influenza A virus subtype H5N1，记作A（H5N1）或H5N1），也称H5N1病毒、H5N1禽流感，是甲型流感病毒的一个高致病性亚型，具有血凝素（hemagglutinin）第5型，神经氨酸酶（neuraminidase）第1型。H5N1病毒可以导致人和一些其他的动物死亡。

有一个在鸟类及禽类间传播的H5N1毒株称为高致病性禽流感甲型流感病毒H5N1亚型（HPAI A(H5N1), highly pathogenic avian influenza virus of type A of subtype H5N1），这一毒株是H5N1流感的致病源。该病毒在鸟群中的传染性很强，发病突然、病症严重、死亡快速，因而属于高致病性禽流感（HPAI, highly pathogenic avian influenza）。这是一种动物流行病（不在人类间传播）和动物共患病，可在很多物种间传播。

H5N1病毒是1996年首次在中国广东的家鹅中明确发现。H5N1病毒主要感染鸟类并导致禽流感。1997年在香港传播时，很多农场的鸡受感染后都即时死亡，并引发首次报告了H5N1病毒感染人类的病例，使一名幼稚园学生死亡。2003年至2015年，全世界已向世界卫生组织报告630例人类确诊病例，其中375例死亡，死亡率约60%；这些确诊的报告病例全部发生在东南亚地区（印度尼西亚、越南、泰国、柬埔寨、中国大陆）。2006年3月9日，世界卫生组织(WHO)根据“一个中国”原则将“H5N1禽流感全球及国家图”将台湾划为感染区。2006年3月10日，世界卫生组织公开说明，台湾没有任何人类或家禽感染H5N1禽流感病例，不是传染区。 2013年5月2日，中国科学家在美国《科学》杂志网络版上报告说，他们“破译”了H5N1禽流感病毒感染人的分子机制，这一发现对防止禽流感病毒扩散具有重要意义。

H5N1病毒在鸟类的感染

1996年至2003年

H5N1病毒是1996年首次在中国广东的养殖鹅中明确发现。

1997年在香港养禽场及鲜活市场爆发H5N1禽流感。当局迅速扑杀全港的130万鸡只，消灭了疫情。当年首次发现人类感染H5N1病毒的病例。同年在广东的饲养鹅中也检测到相同病毒。

1999年以后，通过检测香港禽类的血液样品、笼具拭子、粪便样品，发现该病毒仍时常出现。1999年至2001年间，鸭与鹅中检测到H5N1病毒的几率上升。香港科学家管轶的研究小组发现，病毒在2000年后期从其他水禽的流感病毒中，获得了新的基因。

2001年5月，大韩民国在从中国大陆进口的鸭肉中分离到H5N1病毒。2002年，在香港发现有野鸟死于H5N1病毒，这是在亚洲野鸟中首次报告因H5N1引起死亡。2003年1月，香港九龙公园的水禽火烈鸟（flamingo）死于H5N1病毒。2003年5月，日本在进口的鸭肉中也检测到H5N1病毒。

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