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生物分类学：是一门研究生物类群间的异同以及异同程度，阐明生物间的亲缘关系、进化过程和发展规律的科学。

生物分类学（biotaxonomy）通常直接称分类学（taxonomy；taxonomie；taxonomía），是一门研究生物类群间的异同以及异同程度，阐明生物间的亲缘关系、进化过程和发展规律的科学。要将生物分类，首先要知道生物与非生物的定义，但是我们似乎没有办法准确定义，以病毒来说，虽然可在其他生物体内寄生并複製，但在生物体外却没有一般生物的特徵如製造或摄取营养，生殖等现象。

又如引起疯牛病的阮粒（prion）可以造成感染却无DNA成分，一直以来，DNA被视为生命遗传物质，经由与RNA的转录转译过程，形成蛋白质，再进一步形成组成细胞的各个部分，如细胞膜、胞器等，而细胞则是我们长久以来所认为组成生命体的最小单位。

这种分类应该反映不同生物体间的进化树关系。分类学把生物划分为不同的群，而系统学试图寻找生物之间的关系。占主导地位的分类法是林奈氏分类系统（Linnaean），它包括一个属名和种加词。

原核生物：是一些由无细胞核的细胞组成的单细胞或多细胞的低等生物。主要包括细菌、支原体和植物中的蓝藻门。一般没有细胞内膜，没有染色体和细胞核膜。 一般以为地球上最早的生命是原核生物，和现存的古细菌相似。

• 生物分类学主要分為八個層次：
• 域 (Domain)
• 界 (Kingdom)
• 門 (Phylum)
• 綱 (Class)
• 目 (Order)
• 科 (Family)
• 屬 (Genus)
• 種 (Species)

• 而在這些等級之上，科學家還加上了「超」、「亞」等區別（如「超科」、「亞種」等）以作更精細的劃分。

林耐時代沒有「域」的劃分，這是後來的科學家加上去的。最新的劃分包括了五個域：

• 普利昂（病源蛋白）域 (Prionabiota)
• 病毒域 (Virusobiota)
• 古菌域 (Archaea)
• 細菌域 (Bacteria)
• 真核域 (Eukarya)
• 前兩者屬於非細胞生物而後三者屬於細胞生物。人類屬於第五域的「真核生物」。

真核域之下一般分為四個「界」： [[原生生物界 (Protista) 真菌界 (Fungi) 植物界 (Plantae) 動物界 (Animalia) 不用說人類屬於動物界。

動物界之下則包括了眾多的「門」，例如海綿所屬的「多孔門」、昆蟲和蝦蟹所屬的「節肢門」、蝸牛和八爪魚所屬的「軟體門」、貝殼類所屬的「腕足門」、海星、海膽、海參所屬的「棘皮門」、以及魚類、鳥類、爬行類所屬的「脊索門 （Chordata） 」。人類屬於「脊索門」下的「脊椎亞門 （subphylum invertebrata)）」。

脊椎動物之下主要分為五個「綱」：魚綱（Pisces） 、兩棲綱（Amphibia） 、爬行綱（Reptilia）、鳥綱 （Aves）和哺乳綱（Mammalia） 。不用說人類屬於「哺乳綱」。

留意哺乳綱之下又分為「原獸亞綱（Protheria）」、「後獸亞綱（Metatheria）」和「真獸亞綱（Eutheria）」，第一種包括了我們不太熟悉的鴨嘴獸（platypus）、第二種包括了我們十分熟悉的袋鼠、而第三種則包括了我們一般所認識的哺乳動物。嚴格來說，鴨嘴獸和袋鼠都不是真正胎生的。

真獸亞綱之下分為眾多的「目」，例如包括了牛、羊、鹿、駱駝等的「偶蹄目」、包括了馬和犀牛等「奇蹄目」、包括了獅、虎、豹、貓、犬等的「食肉目（Carnivora）」、包括了老鼠、葵鼠和松鼠的「嚙齒目（Rodentia） 」、包括了鯨和海豚的「鯨目（Cetacea）」等。而人類則屬於「靈長目（Primate）」。

靈長目之下包括了「狐猴亞目（Prosimii） 」和「類人猿亞目（Anthropoidea）」，前者包括了現今主要生活在馬達卡斯卡島（Madagascar）的狐猴、懶猴、指猴等「超科（Superfamily）」，而後者則包括我們所熟悉的猴類和猿類兩大超科，後者的正式名稱是「類人猿超科（Hominoidea）」，也就是人類所屬於的分類。

類人猿超科之下包括了兩個大科：「長臂猿科（Hylobatidae）」和「人科（Hominidae）」。人類、大猩猩（gorilla） 、黑猩猩（chimpanzee） 、褐猩猩（orang-utan）、倭猩猩（bonobo apes）和牠們的直系祖先，都是「人科」之下的不同的「屬」。

在二十世紀初，人屬（Homo）之下便只有「現代人」這個代表。但過去近百年的古人類學的研究，顯示在現代人出現之前，地球上曾經存在過不同的人屬生物，例如二百萬年前的「能人（Homo habilis）」和五十萬年前的「北京猿人（Homo erectus）」等。 “habilis” 和 “erectus” 等便代表了他們在「種」之一層次的劃分。而現代人的正式學名是Homo sapiens ，中文稱「智人」。

生物命名规范

关于如何为生物命名的原则有很多国际协议，例如《国际植物命名法规》（International Code of Botanical Nomenclature，简称ICBN）、《国际动物命名法规》（International Code of Zoological Nomenclature，简称ICZN）以及《国际细菌命名法规》（International Code of Nomenclature of Bacteria，简称ICNB）。第四版的生物命名法规（BioCode）草案在1997年出版，它试图在三个领域标淮化命名，但现在还没有被正式采纳。《国际病毒命名和分类法规》（International Code of Virus Classification and Nomenclature，简称ICVCN）是不属于生物命名法规的。

生物分界

传统上，生物分为五界，由Sahn等于1949年提出：

• 原核生物界 -- 原生生物界 -- 真菌界 -- 植物界 -- 动物界

Copeland提出过四界说：

• 菌界（细菌和蓝藻） -- 原生生物界 -- 植物界 -- 动物界

也有人使用三域说。这种分类方法反映了细胞是否有核以及细胞膜和细胞壁的差异。

• 古菌域 -- 细菌域 -- 真核域

另有一些不属于上述所有分类的介于生物和非生物之间的生命形式，即只能寄生于细胞内的病毒，而它们在细胞外并不表现出活跃的生命形式。

• 病毒 -- 类病毒 -- 阮病毒

分类表

生物分类总表

这个列表以NCBI Taxonomy上的分类爲基础。

生物详细分类表

• 古菌分类表
• 细菌分类表
• 植物分类表 (NCBI)
• 动物分类表
• 真菌分类表
• 原生生物分类表

古菌域

包含嗜盐菌、一些超嗜热菌、嗜酸菌等。

细菌域

包含放线菌、衣原体、支原体、立克次体等。

真核生物域

植物界

包含绿藻、轮藻、苔藓植物、蕨类植物、种子植物等。

真菌/后生动物组

真菌/后生动物组除动物界和真菌外，还包含领鞭毛虫、鱼醉菌等。

动物界

即“后生动物”组。

真菌界

包括子囊菌、担子菌、接合菌、壶菌、聚合菌和微孢子虫。

其馀真核生物（原生生物和真核藻类）

真核生物除动物、植物、真菌三界之外统称原生生物，爲併系群。

• 等辐骨虫纲（Acantharea），如等棘虫。
• 放射虫纲
• 双滴虫类（Diplomonadida），如曲滴虫、贾第虫。
• Parabasalidea
  • 毛滴虫纲（Trichomonada）
  • 超鞭毛纲（Hypermastigia）
• 异叶足纲（Heterolobosea），如集胞菌。
• 眼虫门
  • 动质体目（Kinetoplastida）
  • 眼虫纲
• 隐藻纲（Cryptophyta）
• 定鞭藻纲（Haptophyceae），如球石藻、等鞭金藻、棕囊藻。
• 不等鞭毛类，除下列分类还包括辐球虫、蛙片虫等。
  • 金藻纲
  • 硅鞭藻纲（Dictyochophyceae）
  • 针胞藻纲（Raphidophyceae）
  • 前毛壶菌纲（Hyphochytriomycetes）
  • 卵菌纲
  • 褐藻门，如海带、巨藻、马尾藻、墨角藻。
  • 硅藻门
  • 黄藻门
• 囊泡虫类
  • 顶複门，如疟原虫。
  • 纤毛虫类，如喇叭虫、中缢虫、榴弹虫、草履虫、四膜虫。
  • 甲藻门
• 单孢子虫门（Haplosporidia）
• 丝足虫类
• 根肿菌类（Plasmodiophorida）
• 粒网足虫类（Granuloreticulosea），如有孔虫。
• 叶足纲（Lobosea），如变形虫（阿米巴）。
• 黏菌门
• 灰胞藻纲（Glaucocystophyceae）
• 红藻门，如石花菜、紫菜。

注：以上真核生物列表不完全，尚包括有其他一些未归类原生生物。

参见

• 进化生物学、系统生物学
• 亚里士多德：《工具论》
• 林奈：双名法