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科學分類又稱科學分類法, 生物分類法，是用生物分類學方法來對生物的物種分組和歸類的辦法。以級別為基礎的系統層次結構中使用的一個固定數量的層次，域、界、門、綱、目、科、屬和種。無級別系統使用任意數量的層次。分類的群體被稱為分類單元。

現代生物分類法源於林奈的系統，他根據物種共有的生理特徵分類。在林奈之後，根據達爾文關於共同祖先的原則，此系統被逐漸改進。近年來，應用了生物信息學方法分析基因組DNA，正在大幅改動很多原有的分類。

生物分類法屬於系統分類學。

現代發展

儘管林奈當時對生物分類只是爲了方便鑒別，現在人們已經廣泛贊同分類應反映出達爾文關於共同祖先的原則。

隨著1960年代支序分類（cladistics），或稱分支學說（cladism）的出現，一個分類單元被定位在演化樹的某個位置。如果一個分類單元包括且僅包括某一個共同祖先的所有後代，稱其爲單系群（monophyly）；相對應的，若該單元包括其共同祖先，但未包括其所有後代，則稱之爲併系群（paraphyly）；若該分類不包括其最近共同祖先，則稱之爲複系群（polyphyly）。根據分支學說，一個自然分類應該是單系群而非併系或複系。

目前正在計劃一種新的命名法，稱做「PhyloCode」，用來處理演化支（clade）而非分類單元（拉丁文taxon，複數taxa）。現在仍不清楚，這種新的命名法能否和其它的命名法則並存。

傳統的分類受到林奈的兩界說影響甚深。即把生物一律分為動物和植物，又以王國(界)來稱呼這兩大分類，可在二十世紀對於微生物和真菌的研究，便被發現其不適用。第一次突破兩界說是1925年以「王國（界）之上是帝國（域）」，借用政治和歷史上的概念，創立「域」的最大分類單位，依照所有生物細胞的有無核，將之分為真核生物和原核生物兩界。但本分類標準當時來說太過前衛了所以影響不大。

比較新的分類法中，域或稱總界是最高的單元。三域系統最初被創立於1990年，此後逐漸被學界承認。目前，大多數學者已經接受了此系統，但仍有一些學者遵循五界系統。三域系統的基本特徵是將原本在細菌界（或稱原核生物界(Monera)中的古細菌和真細菌獨立成細菌域（Bacteria）和古菌域（Archaea）。還有一些學者將古細菌列爲第六個界但不接受三域系統。

早期分類系統

最早已知的對生命形式的分類系統由希臘哲學家亞里士多德所建立。他將動物根據運動方式（空中，陸上或水中）分類。1172年塞維利亞的法官伊本·路世德（ibn Rushd，即阿維羅伊Averroes）將亞里士多德的《論靈魂》（拉丁文de Anima）翻譯成阿拉伯文並刪節。其原始註解已佚，但由斯考特（Michael Scot）翻譯的拉丁文版本仍流傳。

在中國，明代李時珍（約1518–1593）在藥典《本草綱目》中，將生物藥材分爲草部、穀部、菜部、果部、木部、蟲部、鱗部、介部、禽部、獸部和人部。瑞士教授康拉德·格斯納（Conrad Gesner, 1516–1565）將當時已知的生物進行了分析性的歸納。

新大陸的發現爲歐洲帶來了很多新奇的動物種類的描述和標本。在16世紀晚期和17世紀早期，人們開始對動物進行了詳細描述，先是人們熟悉的種類，隨後逐漸擴展，直到形成了基於解剖學基礎的足夠大的知識體系。這些解剖學知識主要來源於醫學解剖學家，隨後昆蟲學家和最初的顯微鏡學者將分類的範圍進一步擴大。

林奈氏分類法

卡爾·林奈（Carolus Linnaeus, 1707–1778）的巨著《自然系統》（拉丁文Systema Naturae）在其一生中被改編過12次（1735年第一版）。在此書中，自然界被劃分爲三個界：礦物、植物和動物。林奈用了四個分類等級：綱、目、屬和種。

林奈所建立了用於命名所有物種的學名的方法，並沿用至今。在林奈之前，命名一個物種需要很長的包括許多單詞的名稱，其中包括了對物種的描述，並且這些名稱不固定。林奈將物種名稱統一成兩個單詞的拉丁文名稱，即學名，由此分開了命名法和分類法。這種生物命名的方法稱作雙名法，具體命名辦法和書寫規則參見雙名法條目。

目前，命名法由命名法規（Nomenclature Codes）所管理。命名包括了不同等級的分類單元的名稱。

儘管在漢語中，各物種及分類單元有對應的漢語名稱，但在學術上爲了方便交流和避免一物多名或一名多物的問題發生，所有國家仍通用拉丁語的命名法，物種的學名也專指雙名法的名稱。拉丁語的好處在於，它基本已經是一種「死語」，不再用作口語，因此相對穩定。

舉例

常見的五種細胞生物（果蠅、人、豌豆、釀酒酵母和大腸桿菌）的名稱和分類如下：

中文	英文	拉丁文 (單數, 複數)	果蠅	人	豌豆	釀酒酵母	大腸桿菌
域；總界	domain; superkingdom	regio, regiones[[Category:含有Template:ISO 639 name la的條目]]	真核域 Eukarya	真核域 Eukarya	真核域 Eukarya	真核域 Eukarya	細菌域 Bacteria
界	kingdom	regnum, regna[[Category:含有Template:ISO 639 name la的條目]]	動物界 Animalia	動物界 Animalia	植物界 Plantae	真菌界 Fungi	細菌界 Bacteria
門	division（植物）; phylum（動物）	divisio, divisiones; phylum, phyla[[Category:含有Template:ISO 639 name la的條目]]	節肢動物門 Arthropoda	脊索動物門 Chordata	被子植物門 Magnoliophyta	子囊菌門 Ascomycota	變形菌門 Proteobacteria
亞門	subdivision; subphylum	subdivisio, subdivisiones; subphylum, subphyla[[Category:含有Template:ISO 639 name la的條目]]	六足亞門 Hexapoda	脊椎動物亞門 Vertebrata
綱	class	classis, classes[[Category:含有Template:ISO 639 name la的條目]]	昆蟲綱 Insecta	哺乳綱 Mammalia	雙子葉植物綱 Dicotyledoneae	酵母綱 Saccharomycetes	γ-變形菌綱 Gammaproteobacteria
亞綱	subclass	subclassis, subclasses[[Category:含有Template:ISO 639 name la的條目]]	新翅亞綱 Neoptera	獸亞綱 Eutheria	薔薇亞綱 Rosidae
目	order	ordo, ordines[[Category:含有Template:ISO 639 name la的條目]]	雙翅目 Diptera	靈長目 Primates	豆目 Fabales	酵母目 Saccharomycetales	腸桿菌目 Enterobacteriales
亞目	suborder	subordo, subordines[[Category:含有Template:ISO 639 name la的條目]]	短角亞目 Brachycera	簡鼻亞目 Haplorrhini
科	family	familia, familiae[[Category:含有Template:ISO 639 name la的條目]]	果蠅科 Drosophilidae	人科 Hominidae	豆科 Fabaceae	酵母科 Saccharomycetaceae	腸桿菌科 Enterobacteriaceae
亞科	subfamily	subfamilia, subfamiliae[[Category:含有Template:ISO 639 name la的條目]]	果蠅亞科 Drosophilinae	人亞科 Homininae	蝶形花亞科 Faboideae
屬	genus	genus, genera[[Category:含有Template:ISO 639 name la的條目]]	果蠅屬 Drosophila	人屬 Homo	豌豆屬 Pisum	酵母屬 Saccharomyces	埃希氏菌屬 Escherichia
種	species	species, species[[Category:含有Template:ISO 639 name la的條目]]	黑腹果蠅 D. melanogaster	智人 H. sapiens	豌豆 P. sativum	釀酒酵母 S. cerevisiae	大腸桿菌 E. coli

註：

• 表中很多分類尚有分歧，除細菌參照伯傑氏手冊的分類大綱外，其餘按照傳統分類，未有統一標準，謹作參考。

• 植物學和微生物學家用系統方法對較高級的分類單元命名，即用拉丁文中模式屬（type genus）屬名的詞幹加上標準的詞尾來命名這個單元（見下表）。例如，薔薇科的「科長」（即模式屬）是薔薇屬(Rosa)，其詞幹爲「Ros-」，則薔薇科的拉丁名即爲「Ros-」加上植物的科的後綴「-aceae」成爲「Rosaceae」。中文的大多數分類單元也是類似用法，但：

• 1. 中文所用爲高級單元的取名的屬可能和拉丁文不同，如牻牛兒苗科(Geraniaceae)的中文名來源於牻牛兒苗屬(Erodium)，但其拉丁名來源於老鸛草屬(Geranium)。

• 1. 拉丁名變更後中文名不一定變更。如脣形科拉丁名原根據形態命名爲Labiatae，現根據標準改爲Lamiaceae，取名源自野芝麻屬(Lamium)，中文也不必將脣形科改譯作「野芝麻科」。

• 動物學家通常只將類似命名法命名至科（包括總科）這一級，以上則多用描述法。

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