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蓝菌门（学名：Cyanobacteria），也被称为蓝绿藻，是一类能透过产氧光合作用获取能量的细菌，但有些也能透过异营来获取能量。属于原核生物界。蓝绿藻植物菌门下物种又称蓝细菌、蓝绿菌、蓝藻或蓝绿藻及蓝菌，当中包括蓝鼓藻、蓝球藻等生物。虽然传统上归于藻类，但近期发现因为没有核膜等等，与细菌非常接近，因此现时已被归入细菌域。
蓝绿菌在地球上已存在约21亿年，是目前以来发现到的最早的光合放氧生物，对地球表面从无氧的大气环境变为有氧环境起了巨大的作用。通过刺激生物多样性和导致厌氧生物接近灭绝，显著的改变了在地球上生命形式的组成。根据内共生学说，在植物和真核藻类发现的叶绿体是从蓝细菌祖先通过内共生进化而来的。
形态
藻体为单细胞或群体，或为细胞成串排列组成藻丝状的丝状体，不分枝、假分枝或真分枝，不具鞭毛[1] ，不产游动细胞，一部分丝状种类能伸缩或左右摆动；细胞壁缺乏纤维素，由肽聚糖组成，壁外常形成胶质鞘；无真正细胞核，核的组成物质集于细胞中央，无核膜及核仁；细胞内除含有叶绿素和类胡萝卜素外，尚含有藻蓝素，部分种类含藻红素；色素不包在质体内，而分散在细胞质的边缘，藻体因所含色素种类和多寡而呈现不同的颜色。
分类和细菌同属细菌界，无膜状胞器，体内作用易互相干扰。
分布
蓝菌主要分布在含有机质较多的淡水中，部分生于海水中、潮湿和干旱的土壤或岩石上、树干和树叶上，温泉中、冰雪上，甚至在盐卤池、岩石缝中都可以发现蓝菌；有些还可穿入钙质岩石或介壳中（如穿钙藻类）或土壤深层中（如土壤蓝藻）；也有同真菌共生形成地衣，或生于植物体内形成内生植物，少数种类能生活于85℃以上的温泉或终年积雪的极地。
蓝菌已知约2000种。目前蓝菌的系统发育分类仍未确定，根据色素种类可单分出类似植物的叶绿体，含有叶绿素a和叶绿素b的原绿藻类，根据形态可分为色球藻目（Chroococcales）、宽球藻目（Pleurocapsales）、颤藻目（Oscillatoriales）、念珠藻目（Nostocales）和真枝藻目（Stigonematales）。但以上分类可能除真枝藻目以外均非单系群，有待进一步研究。形态分类可参见细菌分类表。是发现年代最早的化石。
分类
虽然传统上蓝绿菌归于藻类，称为蓝绿藻门（Cyanophyte），最新研究早已将它排除，因为其和藻类差异甚大。藻类是有膜状胞器的真核生物成员，蓝菌是缺乏膜包围的胞器（膜状胞器）的原核生物，含有单一环状DNA分子，细胞壁含有肽聚糖，核糖体大小、成分和真核生物不同。蓝绿藻在特化折叠的原生质膜（称为叶绿囊膜）上行光合作用。因此，它们即使拥有类似的生态栖位，彼此仍然差异很大。
毒素
国际间对食用蓝菌门生物开始关注，因为不论土生和水生的蓝菌生物皆含有神经毒素BMAA（β-N-methylamino-L-alanine），并可能透过食物链不断累积产生生物放大作用，对人类的损害将逐渐增加。BMAA已证实会对动物产生强烈的毒性，加速动物脑神经退化、四肢肌肉萎缩等等，小量BMAA积累已能选择性杀死从老鼠的神经元。香港中文大学呼吁大众停止食用同属蓝菌门的发菜，减轻患上肌萎性侧索硬化症、柏金逊症和老人痴呆症的风险。
蓝菌的次生代谢产物微囊藻毒素有非常强的毒性，可能会严重损害肝脏。1996至1999年间，美国俄勒冈健康部门（Oregon Health Division）曾对市面上87种蓝菌及螺旋藻保健食品进行测试，发现其中竟然有85种保健食品均含有微囊藻毒素。
不同种类的蓝菌含有不同类型的毒素，当中包括神经毒素（Neurotoxin）、肝毒素（Hepatotoxicity）、细胞毒素（Cytotoxicity）及内毒素等，使他们对人体及动物构成生命危险。已有纪录证明饮用或于被蓝菌污染的水源接触会引致中毒现象，但实际多少的摄取量会致命则未有定论。
污染水质
蓝菌和藻类皆会产生有腥臭味的“水华”（又称藻华）现象，最大危害是令饮用水源受到威胁，毒素影响人类健康。亦会盖住池水令鱼类缺氧死亡。
螺旋藻、螺旋菌
螺旋藻同属于蓝菌门，最初是由非洲乍得居民当作食物，虽然现时也是一种流行的商业保健食品，但螺旋藻的健康及治疗效用一直备受质疑。很多赞成的主张都是著重螺旋藻包含的个别养份，如γ-亚麻酸（GLA）、不同的抗氧化剂等，而不是著重直接食用螺旋藻。螺旋藻含有的所有营养如维生素，全部均可以在一般正常食物中找到，根本没有食用必要，但螺旋藻却会另外对重金属产生富集作用。2008年，中国云南省疾控中心就对当地市场上25个品牌的螺旋藻进行检验，发现重金属铅和镉的含量均超标。另外，螺旋藻食品所含的毒素，也是值得关注的问题。