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代谢物组学（英语：metabolomics）是涉及代谢产物的化学过程的科学研究。具体而言，代谢物组学是“对特定的细胞过程遗留下的特殊化学指纹的系统研究”，对它们的小分子代谢产物的整体研究。代谢物组(Metabolome)定义为在一个生物细胞，组织，器官或生物体中所有的代谢产物的集合，而这些代谢物是此生物体基因表达的最终产物。因此，当信使RNA基因表达的数据和蛋白质组学的分析无法描述细胞体内的所有生理活动的时候，对代谢分析可以获得该细胞生理学的一个瞬时快照。系统生物学和功能基因组学的挑战之一是整合蛋白质组学的，转录组学的和代谢物组学的信息以更好地理解细胞生物学。

历史

代谢物组学诞生于上个世纪末，由英国伦敦帝国大学的教授Jeremy Nicholson教授创立，之后得到迅速发展并渗透到多项领域，比如疾病诊断、医药研制开发、营养食品科学、毒理学、环境学，植物学等与人类健康护理密切相关的领域。

在2005年，第一个用于表征人类代谢物的代谢组学网络数据库METLIN是在斯克里普斯研究所(The Scripps Research Institute)的Siuzdak实验室开发的，含有超过10,000种代谢物和串联质谱数据。截至2015年9月，METLIN含有超过240,000种代谢物，以及代谢组学中最大的串联质谱数据库。

在2007年1月23日，由加拿大阿尔伯塔大学的David Wishart博士领导的人体代谢物项目完成了人类代谢物组数据库(Human Metabolome Database)的初稿，其中包含大约2500种代谢物，1200种药物，和3500种食物成分的数据库。另外，有几个植物物种，尤其是Medicago truncatula和拟南芥已经进行了几年的类似项目。

2015年，首次展示了实时的代谢物组分析。

代谢产物(metabolite)

代谢产物通常指在生命体内实现代谢过程的小分子有机化合物。 初级代谢产物直接参与细胞的正常生长、发展和繁殖。 次级代谢产物不直接参与这些过程，但是通常具备重要的生态功能，例如抗生素和色素。

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