藍菌門
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藍菌門（學名：Cyanobacteria），也被稱為藍綠藻，是一類能透過產氧光合作用獲取能量的細菌，但有些也能透過異營來獲取能量。屬於原核生物界。藍綠藻植物菌門下物種又稱藍細菌、藍綠菌、藍藻或藍綠藻及藍菌，當中包括藍鼓藻、藍球藻等生物。雖然傳統上歸於藻類，但近期發現因為沒有核膜等等，與細菌非常接近，因此現時已被歸入細菌域。
藍綠菌在地球上已存在約21億年，是目前以來發現到的最早的光合放氧生物，對地球表面從無氧的大氣環境變為有氧環境起了巨大的作用。通過刺激生物多樣性和導致厭氧生物接近滅絕，顯著的改變了在地球上生命形式的組成。根據內共生學說，在植物和真核藻類發現的葉綠體是從藍細菌祖先通過內共生進化而來的。
目錄
形態
藻體為單細胞或群體，或為細胞成串排列組成藻絲狀的絲狀體，不分枝、假分枝或真分枝，不具鞭毛[1] ，不產遊動細胞，一部分絲狀種類能伸縮或左右擺動；細胞壁缺乏纖維素，由肽聚糖組成，壁外常形成膠質鞘；無真正細胞核，核的組成物質集於細胞中央，無核膜及核仁；細胞內除含有葉綠素和類胡蘿蔔素外，尚含有藻藍素，部分種類含藻紅素；色素不包在質體內，而分散在細胞質的邊緣，藻體因所含色素種類和多寡而呈現不同的顏色。
分類和細菌同屬細菌界，無膜狀胞器，體內作用易互相干擾。
分布
藍菌主要分布在含有機質較多的淡水中，部分生於海水中、潮濕和乾旱的土壤或岩石上、樹幹和樹葉上，溫泉中、冰雪上，甚至在鹽滷池、岩石縫中都可以發現藍菌；有些還可穿入鈣質岩石或介殼中（如穿鈣藻類）或土壤深層中（如土壤藍藻）；也有同真菌共生形成地衣，或生於植物體內形成內生植物，少數種類能生活於85℃以上的溫泉或終年積雪的極地。
藍菌已知約2000種。目前藍菌的系統發育分類仍未確定，根據色素種類可單分出類似植物的葉綠體，含有葉綠素a和葉綠素b的原綠藻類，根據形態可分爲色球藻目（Chroococcales）、寬球藻目（Pleurocapsales）、顫藻目（Oscillatoriales）、念珠藻目（Nostocales）和真枝藻目（Stigonematales）。但以上分類可能除真枝藻目以外均非單系群，有待進一步研究。形態分類可參見細菌分類表。是發現年代最早的化石。
分類
雖然傳統上藍綠菌歸於藻類，稱為藍綠藻門（Cyanophyte），最新研究早已將它排除，因為其和藻類差異甚大。藻類是有膜狀胞器的真核生物成員，藍菌是缺乏膜包圍的胞器（膜狀胞器）的原核生物，含有單一環狀DNA分子，細胞壁含有肽聚糖，核糖體大小、成分和真核生物不同。藍綠藻在特化摺疊的原生質膜（稱為葉綠囊膜）上行光合作用。因此，它們即使擁有類似的生態棲位，彼此仍然差異很大。
毒素
國際間對食用藍菌門生物開始關注，因為不論土生和水生的藍菌生物皆含有神經毒素BMAA（β-N-methylamino-L-alanine），並可能透過食物鏈不斷累積產生生物放大作用，對人類的損害將逐漸增加。BMAA已證實會對動物產生強烈的毒性，加速動物腦神經退化、四肢肌肉萎縮等等，小量BMAA積累已能選擇性殺死從老鼠的神經元。香港中文大學呼籲大眾停止食用同屬藍菌門的髮菜，減輕患上肌萎性側索硬化症、柏金遜症和老人癡呆症的風險。
藍菌的次生代謝產物微囊藻毒素有非常強的毒性，可能會嚴重損害肝臟。1996至1999年間，美國俄勒岡健康部門（Oregon Health Division）曾對市面上87種藍菌及螺旋藻保健食品進行測試，發現其中竟然有85種保健食品均含有微囊藻毒素。
不同種類的藍菌含有不同類型的毒素，當中包括神經毒素（Neurotoxin）、肝毒素（Hepatotoxicity）、細胞毒素（Cytotoxicity）及內毒素等，使他們對人體及動物構成生命危險。已有紀錄証明飲用或於被藍菌污染的水源接觸會引致中毒現象，但實際多少的攝取量會致命則未有定論。
污染水質
藍菌和藻類皆會產生有腥臭味的「水華」（又稱藻華）現象，最大危害是令飲用水源受到威脅，毒素影響人類健康。亦會蓋住池水令魚類缺氧死亡。
螺旋藻、螺旋菌
螺旋藻同屬於藍菌門，最初是由非洲乍得居民當作食物，雖然現時也是一種流行的商業保健食品，但螺旋藻的健康及治療效用一直備受質疑。很多贊成的主張都是著重螺旋藻包含的個別養份，如γ-亞麻酸（GLA）、不同的抗氧化劑等，而不是著重直接食用螺旋藻。螺旋藻含有的所有營養如維生素，全部均可以在一般正常食物中找到，根本沒有食用必要，但螺旋藻卻會另外對重金屬產生富集作用。2008年，中國雲南省疾控中心就對當地市場上25個品牌的螺旋藻進行檢驗，發現重金屬鉛和鎘的含量均超標。另外，螺旋藻食品所含的毒素，也是值得關注的問題。