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中國科學院南京分院是中國科學院的派出機構，聯絡和協調中國科學院駐江蘇、江西兩省的研究所，協助做好各單位領導幹部隊伍建設，指導黨建、紀檢和監察工作，負責中國科學院與江蘇、江西兩省的院地合作，牽頭承辦中國科學院大學南京學院，聯絡與服務在江蘇省的中科院院士。

1950年，中國科學院接管原中央研究院在南京的科研單位，成立中國科學院華東辦事處。1978年11月，經國務院批准建立中國科學院南京分院。

截至2023年1月，中國科學院南京分院系統有10個法人研究機構；擁有3個國家重點實驗室、1個國家工程中心、17個野外工作檯站；設有碩士學位授予點40個、博士學位授予點27個；2022年在讀研究生約3106名，其中碩士生1954名、博士生1112名、留學生40名、在站博士後367名。

科研條件

人員編制

截至2023年1月，南京分院共有在職職工3004人，其中科技人員2022人，包括兩院院士8人，研究員及正高級工程技術人員481人，副研究員及高級工程技術人員769人；國家傑出青年科學基金獲得者40人，其他國家級各類高層次人才計劃入選者近百人，江蘇省第六期333工程入選者82人。

中國科學院院士：史生才（專職）、常進（專職）、崔向群（專職）、熊大閏（專職）、陳旭（專職）、戎嘉余（專職）、周志炎（專職）

中國工程院院士：張佳寶（專職）、潘君驊（專職）

國家傑出青年科學基金獲得者：甘為群、楊戟、史生才、韋大明、徐偉彪、吳德金、常進、趙長印、范一中、吳雪峰、李婧、楊群、袁訓來、朱茂炎、詹仁斌、黃迪穎、王博、彭新華、駱永明、蔣新、丁維新、沈仁芳、周東美、吳龍華、顏曉元、張甘霖、秦伯強、吳慶龍、張運林、張恩樓、楊輝、戴建武、徐士傑、徐科、王強斌、陳立桅、靳健

江蘇省第六期333工程入選者：常進、趙長印、袁訓來、唐玉國、李清文、徐科、王強斌、陳立桅、韋大明、范一中、吳雪峰、吳慶龍、張甘霖、周東美、吳龍華、顏曉元

科研部門

據2023年5月官網顯示，中國科學院南京分院系統有10個法人研究機構，其中空間天文領域3個、資源環境領域3個、高技術領域3個、省院共管單位1個；擁有3個國家重點實驗室、1個國家工程中心、17個野外工作檯站，其中5個為國家級野外台站。

系統單位（法人研究機構）（10個）：中國科學院贛江創新研究院、中國科學院紫金山天文台、中國科學院南京地質古生物研究所、中國科學院南京土壤研究所、中國科學院南京地理與湖泊研究所、中科院南京天文儀器有限公司、中國科學院國家天文台南京天文光學技術研究所、中國科學院蘇州納米技術與納米仿生研究所、中國科學院蘇州生物醫學工程技術研究所、江蘇省中國科學院植物研究所（院省共管）

國家重點實驗室（3個）：現代古生物學和地層學國家重點實驗室、土壤與農業可持續發展國家重點實驗室、湖泊與環境國家重點實驗室

國家工程實驗室（1個）：土壤養分管理國家工程實驗室

野外工作檯站（17個）：紫金山天文台青海觀測站、紫金山天文台洪河天文觀測站、紫金山天文台姚安天文觀測站、紫金山天文台盱眙天文觀測站、紫金山天文台贛榆太陽活動觀測站、紫金山天文台青島觀象台、南京古生物所澄江古生物研究站、南京土壤所封丘農田生態系統國家野外科學觀測研究站、南京土壤所鷹潭農田生態系統國家野外科學觀測研究站、南京土壤所常熟農田生態系統國家野外科學觀測研究站、南京土壤所中國科學院三峽工程生態環境秭歸實驗站、南京土壤所中國科學院生態系統研究網絡土壤分中心、南京地湖所太湖湖泊生態系統觀測研究站、南京地湖所鄱陽湖湖泊濕地觀測研究站、南京地湖所撫仙湖高原深水湖泊研究站。

科研成就

科研成果

中國科學院南京分院系統各研究所在地學、空間天文、納米技術、生物醫學工程等優勢學科領域產出了一批重大原始創新成果。

2019年4月1日，中國科學院南京分院系統研究所獲得2項省科學技術一等獎、1項二等獎、4項三等獎及1項省國際科學技術合作獎。中科院紫金山天文台常進團隊的《「悟空」號暗物質粒子探測器》、蘇州納米技術與納米仿生研究所靳健團隊的《高性能分離膜材料設計、製備與應用研究》分別獲得江蘇省科學技術一等獎。紫金山天文台孫榮煜團隊的《人造天體的精密光學測量方法》獲得江蘇省科學技術二等獎。南京地質古生物研究所格拉漢姆·安東尼·希爾茲（Graham Anthony Shields）獲得省國際科學技術合作獎。南京地質古生物研究所沙金庚團隊、馮偉明團隊，南京土壤研究所龔子同團隊和江蘇省中國科學院植物研究所黃蘇珍團隊等分別獲得江蘇省科學技術三等獎。

2020年4月，中國科學院南京分院系統研究所獲得兩項省科學技術一等獎、一項二等獎、兩項三等獎及一項省國際科學技術合作獎。中科院南京天文光學技術研究所完成的「LAMOST的核心創新和關鍵技術」和中科院南京地理與湖泊研究所完成的「湖泊生態系統對全球變化的響應過程與機制」分別獲得江蘇省科學技術一等獎。中科院南京土壤研究所完成的「化學氧化修復污染場地土壤過程中自由基產生及其調控技術原理」獲得江蘇省科學技術二等獎。南京土壤所「地表臭氧濃度升高對稻麥生產的影響機制與區域風險評估」和中科院南京天文儀器有限公司「大口徑可移動多用途激光雷達望遠鏡」分別獲得江蘇省科學技術三等獎。此外，南京地理所埃里克·傑佩森（Erik Jeppesen）（丹麥籍）獲得江蘇省國際科學技術合作獎。

學術刊物

中國科學院南京分院下屬系統院所主辦的刊物有《湖泊科學》《地層學雜誌》《土壤》《微體古生物學報》及《生物進化》等。

《湖泊科學》創刊於1989年，由中國科學院南京地理與湖泊研究所和中國海洋湖沼學會聯合主辦，主要報道湖泊（含水庫）及其流域在人與自然相互作用下資源、生態、環境變化的最新研究成果，刊載與湖泊科學有關的各學科（如物理學、化學、生物學、生態學、地質學、地理學等）以及湖泊工程、流域綜合管理的理論性或應用性研究論文、簡報和綜述。

《地層學雜誌》創刊於1966年，是地層學（含生物地層學、岩石地層學、磁性地層學、年代地層學、事件地層學、化學地層學、構造地層學、地震地層學、層序地層學、旋迴地層學、生態地層學及定量地層學等）及與其相關的地質學、沉積學、古地理學、古生態學、古氣候學研究的學術性期刊，主要刊載與上述學科有關的專門性論文、學術動態、報道、討論、書刊和論文的評價、綜述或譯文，以及中國國內外工作方法和經驗的介紹等。

《土壤》是介紹土壤、肥料、土壤生態及環境保護等方面的研究論文和調查報告為主的通報類期刊。是全國中文核心期刊、中國科技核心期刊、中國自然科學核心期刊，已被《中國期刊網》《中國學術期刊（光盤版）》全文收錄，被認定為《中國學術期刊綜合評價數據庫》《中國科學引文數據庫》來源期刊。

《微體古生物學報》於1984年創刊，主要刊登微體古生物學的最新研究論文，中國國內外學術研究動態和學術思想的討論。介紹微體古生物學研究的新方法、新技術及重要古生物論着的簡介和評述。適合微體古生物學和生物地層工作者，科研單位、大專院校師生及地質、石油、煤炭、海洋與湖泊及生命科學等系統的有關專業人員。

《生物進化》於2006年創刊，刊登的主要內容包括生物類群的起源；地質歷史時期生物多樣性的發生和環境的協同進化；生物進化理論和假說；科學考察和國家地質公園；地外生命；地球生命的未來；化石資源的保護；化石、奇石的收藏和鑑賞；有關學術研究機構和博物館的介紹。