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1360年（元朝至正二十年）四月十七日出生于应天府吴王宫。明太祖朱元璋第四子。根据明朝《太常寺志》的记载和明史学家吴晗的考证，其生母为高丽人碽妃。靖难后自称是孝慈高皇后马氏所生的嫡子。
朱棣十一岁时被封为燕王，受封于北京。由于其侄子明惠帝采取削藩政策，朱棣于建文元年（1399年）七月五日举兵靖难。在姚广孝、袁珙、张玉、朱能等人的协助下，经过真定、白沟、东昌等地的战役，于建文四年（1402年）六月十三日从金川门攻入京师应天府，取得帝位，于六月十七日举行登基典礼，改建文四年为洪武三十五年，次年改元永乐。
永乐元年（1403年）朱棣改北平为北京，作为陪都。永乐四年开始营建北京宫殿。永乐十八年（1420年）十一月四日，朱棣颁诏迁都北京，将其改为京师顺天府，并以应天府为南京。
朱棣篡位后，曾让方孝孺来写劝进文表，方不允，被史无前例地“诛灭十族”。
朱棣在位期间，采取一系列措施来加强中央集权。他改朱元璋时期的“四辅官”制为内阁制，以解缙、杨士奇、杨荣等七名大学士为首任内阁成员，在紫禁城东角门办公，由此开创了内阁时代。朱棣延续了建文帝朱允炆的削藩措施，剥夺亲王的护卫兵力，将北方边疆地区的亲王迁到内地，禁止亲王节制武臣，禁止亲王干预地方事务，并将骄横不法的齐王、代王、谷王废为庶人。朱棣任用纪纲、陈瑛等酷吏，并在永乐十八年（1420年）迁都北京后创立了特务组织东厂。朱棣对建文时期的官员采取严厉的迫害措施，采取了“诛十族”、“瓜蔓抄”等诛戮手段。
朱棣在位期间，下令编纂《永乐大典》，疏浚京杭大运河，修建了北京紫禁城、长陵、南京大报恩寺、武当山宫观等庞大的工程。在东北设立了奴儿干都司，在西北设立了哈密卫，在云贵、两广地区推行改土归流制度，以朝廷任命的流动官员代替世袭的土司。永乐四年（1406年，因藩属国安南发生内乱而派兵南下征讨，将其归并到中国，于永乐六年（1408年）设立交趾布政使司。对于退守到漠北的蒙古势力则亲自征讨达五次之多。朱棣还派遣郑和舰队前往南洋、西洋进行巡访。朱棣还改善了同帖木儿帝国和日本的关系。
永乐二十二年（1424年）七月十七日，朱棣在第五次亲征蒙古的回途中病死于榆木川（今内蒙古多伦）。终年六十五岁。葬于北京昌平天寿山长陵。