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支序分类学（英语：Cladistics）又称亲缘分支分类学，是一种生物分类的哲学，其指只依据演化树分支的顺序，而不参考形态上的相似性来排列物种。此一学派的主要贡献者一般认为是德国昆虫学家威利·汉宁根，他称此为种系发生系统学。

分支研究的最终结果是由被称之为“分支图”的树状关系图来描绘出其假定的关系。现代的系统学研究会收集各方面的资料，包括DNA序列、生化数据和形态学上的数据等。

在一个分支图（Cladogram）中，所有的生物体都如同一片树叶，且每个内节点理想上都是二元（有两条分歧）的，在此一分歧点两端的分类群即称为“旁系分类群”或“旁系群”。每一枝干，不论其包含了上万种类别或只有一种类别，都被称做是一个分支。一个自然的类群应该会有包含在任一分支里的所有生物体，这个分支会有着属于此一分支的唯一祖先（一个不会是此一分支外的其他生命体的祖先）。每一分支都会有一些只共同出现在分支内每一个成员上，而不会出现在其他生命体上的特征。这些特征称之为衍征。例如，坚硬的前翅（鞘翅）是鞘翅目的衍征，而幼叶卷叠式－由卷曲的幼芽舒展成叶子则是蕨类植物的衍征。

术语

一个特症状态若是同时表现在外类群和其祖先身上时，称之为“祖征”；而若只出现在之后的后代时，则称之为“衍征”。用祖征和衍征来代替原始和先进这些词是因为，若是在不同的环境之下，每种特征都有可能是先进的。用祖征来指分支的“分类基础”在非正式的情况下并不会不普遍。

一些种类如果比其他种类具有更多的祖征，称为基本分支，一般来说基本分支比其他衍生分支的种类要少得多，基本分支也可能现在已经不存在，例如鸟类和哺乳动物的共同祖先就已经不存在，虽然它们之间有许多共同的祖征存在。

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