种系
种系发生
系统发生学（希腊语：φυλογένεση，φύλο，现代希腊语：fílo- 种系，性别和γεννήση，现代希腊语：jénnissi- 新生，诞生。 [2] 英语：Phylogenetics，又称系统发育学，简称为谱系学）是研究生物个体或群体（例如物种或种群）之间的演化历史和关系。这些关系是通过系统发育推理方法被发现，这些方法评估被观察到的可遗传性状，例如在这些性状的进化模型下的DNA序列或形态。 这些分析的结果是系统发生（也称为系统发生树phylogenetic tree） - 关于一组生物的进化关系历史的图解假设。 系统发生树的尖端可以是生物体或化石，并代表进化谱系中的“末端”或现在。 系统发生学分析已成为理解生物多样性、进化、生态学和基因组的核心。
生物分类学是生物的识别，命名和分类。 它通常由系统发生学提供丰富的信息，但仍然是一种方法论和逻辑上不同的学科。 [3]
这个概念不单止用于动物种系的发生与发展，还会用在系统学各个层面的分类单元上面。它也会被用到某一特征的在生物发育过程中的进化这一方面。
系统发生学的研究是通过以下的手段实现：
- 化石形态学和解剖学特征的比较和研究，
- 现存生物的形态学，解剖学和生理学特征的比较，
- 生物，特别是现存生物的个体发生研究，
- DNA分析，例如测序和分子系统发生学方法。
通过这些数据，人们就可以为生物建立一棵系统发育树（进化树），其中描述了各个物种之间可能有的亲缘关系。
系统发生学研究的最大困难是，系统发生学的进化过程是不能被直接通过观察和实验被证实的。所以各个方面的证据都要被综合起来分析。由于对这些证据的侧重不同，会经常造成有多个不同的演化树版本，例如原口类动物的几个门究竟是归到蜕皮动物（来自遗传学方面的证据）还是触手动物（形态学方面的证据）。
特征分为同源和同功两种。
同源，例如同源器官或是同源的行为方式，会显示出相同的躯体基本构造，因为环境的不同而进化成不同的外形或功能。同源器官的外形和功能可以相差很大。一个很好的例子就是脊椎动物的前肢。它们可以成为足，翅膀（鸟，翼龙，蝙蝠），鳍（鱼，企鹅，鱼龙，鲸），手（人类，猿和一些恐龙），挖掘工具（田鼠，裸滨鼠，袋鼹)。但其骨骼构造却是相似的。这些相似性只能用系统发生学的理论去解释。
同源特征证实了物种间的亲缘关系，是重构进化树的有力手段。同源现象在生物学中可以进一步分为直系同源（直系同源是指在不同物种中的某一基因来自同一祖先）和旁系同源（种系间的基因复制） 。
- 同功，例如同功器官外形的相似，功能的相同，但它们却是通过趋同演化独立发展出来开的。如墨鱼的眼睛和脊椎动物的眼睛，它们外形构造相似，功能都是感光。但透过显微镜可看到，它们的微细结构不一样。对个体发生的研究显示，它们是从不同胚层发育而来的。同功现象并不是亲缘关系的证据。
参考文献
- ↑ | 百度汉语
- ↑ [Liddell, Henry George; Scott, Robert; Jones, Henry Stuart. A Greek-English lexicon 9. Oxford: Clarendon Press. 1968: 1961.]
- ↑ [Edwards AWF; Cavalli-Sforza LL. Reconstruction of evolutionary trees. (编) Heywood, Vernon Hilton; McNeill, J. Phenetic and Phylogenetic Classification. 1964: 67–76. OCLC 733025912. Phylogenetics is the branch of life science concerned with the analysis of molecular sequencing data to study evolutionary relationships among groups of organisms.]