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眼睛色彩[1]是一种多基因遗传特征，是指眼睛虹膜的色彩。由虹膜中黑色素数量、黑色素种类真黑色素与假黑色素，黑色素的分布所决定。。人类与其他动物的眼睛色彩，拥有许多表型变异。许多鸟类拥有鲜明的眼睛色彩，这些颜色是决定于其他的色素，如蝶酸、嘌呤与类胡萝卜素。
虹膜的颜色受三种主要原因影响，分别是黑色素在虹膜色素上皮细胞中的含量、黑色素在虹膜基质的含量，以及虹膜基质的细胞密度。不论是任何颜色的眼睛，在虹膜色素上皮细胞中都含有真黑色素；而色彩的变异一般是决定于虹膜基质中的黑色素含量。虹膜基质中的细胞密度影响色素上皮细胞所能够吸收的光线量。
色彩决定
基因遗传学
眼睛的颜色是一种由超过一个基因所遗传的特征，对人类来说，目前已知3个基因座上的基因与眼睛的色彩有关，分别是EYCL1、EYCL2与EYCL3。这些基因与人类眼睛颜色的表形有关（棕色、绿色与蓝色）。虽然过去曾经认为棕色眼睛为显性基因，蓝色眼睛为隐性基因。但是事实上两位蓝色眼睛的亲代却能够生下棕色眼睛的子代，显示眼睛色彩的决定并非遵循普通的孟德尔遗传法则，只是这种情形相当少见（大约1亿人之中才有1位）。必须全部四个基因同时决定相同的色彩，才能产生单纯的颜色，反之则出现混合的颜色，如蓝绿色。眼睛的色彩通常在婴儿出生后大约6个月趋于稳定。
生理学
根据上述基因研究而推断的虹膜颜色形成原因，可见深棕、浅棕和灰色都是由黑色素的浓淡而引起，蓝色是因为散射而产生的色彩，而红色是因为白化而产生的色彩。当浅棕与蓝色混合，成为了绿色；而红色与蓝色混合，则成为了紫色。
色彩分类
过去把人类虹膜的基色只有三种：褐色、蓝色和绿色，其他颜色的虹膜则是这三种颜色的变体。但这一分类方法被批评为过于简化。人类虹膜颜色在儿童期会发生戏剧性改变。另外，有的人具有蓝色或绿色虹膜但围绕瞳孔为褐色环，这使得眼睛色彩的分类更为复杂。
白化症患者则有粉红色虹膜，这是由于其虹膜中没有色素，只能显示出微血管的颜色。
浓褐色
是最常见的人类虹膜颜色，除了色素多的种族，在白人当中也常出现。褐色虹膜含有大量黑色素，深褐色虹膜看起来像黑色。褐色虹膜被认为是人类虹膜的显性基因，但最近的研究认为这不一定正确。
淡褐色
是瑞利散射和中等程度的黑色素在虹膜前方膜层的组合所造成。具有强烈的黄色/金色和赤褐色/铜色色调。淡褐色很难界定。它们常被描述成浅褐色或黄褐色。有人认为淡褐色是褐色和蓝色虹膜的中间色。一般出现在中东地区的白人民族。
琥珀色与黄色
在其他动物上较为常见，它比棕色更浅，很少在人类出现，又被称为猫眼色。在欧洲比例多，或多是混血儿。
绿色
为罕见的虹膜颜色。在欧洲的凯尔特人、日耳曼人和斯拉夫人中比例较高；欧洲以外，一些普什图人、土耳其人、古代叶尼塞吉尔吉斯人也有绿色虹膜。
灰色
被认为是蓝色虹膜的变种。为罕见的虹膜颜色。
蓝色
在欧洲比较常见，全世界约8%的人口有蓝色虹膜。北欧人如冰岛人、芬兰人和拉脱维亚人约80%以上为蓝色眼睛。
紫色
为蓝色虹膜的变种，是非常少见的颜色。如已故名人伊莉莎白·泰勒。可是也有研究指出伊丽莎白·泰勒的紫色瞳孔其实只是因为光线和后天加工而成。
粉红色
由于虹膜中没有色素，只能显示出微血管的颜色，故为粉红色。白化症患者就拥有粉红色虹膜。