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眼睛色彩[1]是一種多基因遺傳特徵，是指眼睛虹膜的色彩。由虹膜中黑色素数量、黑色素种类真黑色素與假黑色素，黑色素的分布所决定。。人類與其他動物的眼睛色彩，擁有許多表型變異。許多鳥類擁有鮮明的眼睛色彩，這些顏色是決定於其他的色素，如蝶酸、嘌呤與類胡蘿蔔素。
虹膜的顏色受三種主要原因影響，分別是黑色素在虹膜色素上皮細胞中的含量、黑色素在虹膜基質的含量，以及虹膜基質的細胞密度。不論是任何顏色的眼睛，在虹膜色素上皮細胞中都含有真黑色素；而色彩的變異一般是決定於虹膜基質中的黑色素含量。虹膜基質中的細胞密度影響色素上皮細胞所能夠吸收的光線量。
色彩決定
基因遗传学
眼睛的顏色是一種由超過一個基因所遺傳的特徵，對人類來說，目前已知3個基因座上的基因與眼睛的色彩有關，分別是EYCL1、EYCL2與EYCL3。這些基因與人類眼睛顏色的表形有關（棕色、綠色與藍色）。雖然過去曾經認為棕色眼睛為顯性基因，藍色眼睛為隱性基因。但是事實上兩位藍色眼睛的親代卻能夠生下棕色眼睛的子代，顯示眼睛色彩的決定並非遵循普通的孟德爾遺傳法則，只是這種情形相當少見（大約1億人之中才有1位）。必須全部四個基因同時決定相同的色彩，才能產生單純的顏色，反之則出現混合的顏色，如藍綠色。眼睛的色彩通常在嬰兒出生後大約6個月趨於穩定。
生理学
根據上述基因研究而推斷的虹膜顏色形成原因，可見深棕、淺棕和灰色都是由黑色素的濃淡而引起，藍色是因為散射而產生的色彩，而紅色是因為白化而產生的色彩。當淺棕與藍色混合，成為了綠色；而紅色與藍色混合，則成為了紫色。
色彩分類
过去把人類虹膜的基色只有三種：褐色、藍色和綠色，其他顏色的虹膜則是這三種顏色的變體。但这一分类方法被批评为过于简化。人类虹膜颜色在儿童期会发生戏剧性改变。另外，有的人具有蓝色或绿色虹膜但围绕瞳孔为褐色环，这使得眼睛色彩的分类更为复杂。
白化症患者則有粉紅色虹膜，這是由於其虹膜中沒有色素，只能顯示出微血管的顏色。
浓褐色
是最常見的人類虹膜顏色，除了色素多的種族，在白人當中也常出現。褐色虹膜含有大量黑色素，深褐色虹膜看起來像黑色。褐色虹膜被認為是人類虹膜的顯性基因，但最近的研究認為這不一定正確。
淡褐色
是瑞利散射和中等程度的黑色素在虹膜前方膜層的組合所造成。具有強烈的黃色/金色和赤褐色/銅色色調。淡褐色很難界定。它們常被描述成淺褐色或黃褐色。有人認為淡褐色是褐色和藍色虹膜的中間色。一般出現在中東地區的白人民族。
琥珀色與黃色
在其他動物上較為常見，它比棕色更淺，很少在人類出現，又被稱為貓眼色。在歐洲比例多，或多是混血兒。
綠色
為罕見的虹膜顏色。在歐洲的凱爾特人、日耳曼人和斯拉夫人中比例較高；歐洲以外，一些普什圖人、土耳其人、古代葉尼塞吉爾吉斯人也有綠色虹膜。
灰色
被認為是藍色虹膜的變種。為罕見的虹膜顏色。
藍色
在歐洲比較常見，全世界約8%的人口有藍色虹膜。北歐人如冰島人、芬蘭人和拉脫維亞人約80%以上為藍色眼睛。
紫色
為藍色虹膜的變種，是非常少見的顏色。如已故名人伊莉莎白·泰勒。可是也有研究指出伊丽莎白·泰勒的紫色瞳孔其實只是因為光線和後天加工而成。
粉紅色
由於虹膜中沒有色素，只能顯示出微血管的顏色，故為粉紅色。白化症患者就擁有粉紅色虹膜。