据社传记载,公元934年(承平4年),藤原保昌出任肥后国司,为了镇护一方安宁,从京都的衹园社(八坂神社)劝请分灵至汤之原(今熊本市西区二本木),建立了此神社。最初称为衹园宫。[1]
979年(天元2年),迁宫至花冈山。[2]
战国时代佐佐成政统治时期,神社败落,至加藤清正任领主时修复。江户幕府时代,细川氏领有熊本藩时也一直得到历代藩主的尊崇。1647年(正保4年),迁座至现在的社址。[3]
1868年(明治元年),更名为北冈宫,1872年再改名为北冈神社。1873年,获得县社的社格。此外,1877年西南战争中,萨摩军曾经以北冈神社为本营。[4]