據社傳記載，公元934年（承平4年），藤原保昌出任肥後國司，為了鎮護一方安寧，從京都的衹園社（八坂神社）勸請分靈至湯之原（今熊本市西區二本木），建立了此神社。最初稱為衹園宮。[1]
979年（天元2年），遷宮至花岡山。[2]
戰國時代佐佐成政統治時期，神社敗落，至加藤清正任領主時修復。江戶幕府時代，細川氏領有熊本藩時也一直得到歷代藩主的尊崇。1647年（正保4年），遷座至現在的社址。[3]
1868年（明治元年），更名為北岡宮，1872年再改名為北岡神社。1873年，獲得縣社的社格。此外，1877年西南戰爭中，薩摩軍曾經以北岡神社為本營。[4]
