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秦岭地区野生动物中有 [[ 大熊猫 ]] 、 [[ 金丝猴 ]] 、 [[ 羚牛 ]] 等珍贵品种，鸟类有国家一类保护对象 [[ 朱鹮 ]] 和 [[ 黑鹳 ]] 。秦岭现设有国家级太白山自然保护区和佛坪自然保护区。其中，大熊猫、金丝猴、羚牛、朱鹮被并称为“秦岭四宝”。在秦岭里，还藏匿着 [[ 鬣羚 ]] 、 [[ 斑羚 ]] 、 [[ 野猪 ]] 、 [[ 黑熊 ]] 、 [[ 林麝 ]] 、 [[ 小麂 ]] 、 [[ 刺猬 ]] 、 [[ 竹鼠 ]] 、 [[ 鼯鼠 ]] 、 [[ 松鼠 ]] 等数不清的哺乳动物，以及堪称世上最为丰富的 [[ 雉鸡 ]] 类族群。

秦岭南北的动物也有较大差别。就兽类来说，以秦岭为分布北界的有23种，占兽类总数的42%。秦岭以南的兽类中，有不少南方成分，如华氏 [[ 菊蝠 ]] 、金丝猴、大熊猫、 [[ 猪獾 ]] 、 [[ 大灵猫 ]] 、 [[ 小灵猫 ]] 、 [[ 云豹 ]] 、 [[ 羚牛 ]] 、 [[ 苏门羚 ]] 、 [[ 豪猪 ]] 等。而分布于秦岭以北的兽类，只有8种，占兽类总数的10%，主要有白股阔蝠和黄鼠等。