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鼎湖山站于1978年建站，1991年成为中国生态系统研究网络CERN成员站，1999年成为首批国家重点野外科学观测试验站（CNERN，试点站，2006年通过认证），2002年首批加入中国科学院国家通量观测站（China Flux），2003年首批加入[[中国科学院]]大气本底观测网（CAS GAW）。

本区属南亚热带湿润型季风[[气候]]，冬夏气候交替明显，年平均温度20.9℃， 最热月为 7 月，平均温度为 28.0℃，极端最高温度为 38.0℃，最冷月为 1 月，平均温度为 12.6℃，极端最低温度 -0.2℃。年降雨 1564 毫米，4-9 月为主要降雨季节。年平均蒸发量 1115毫米，年平均相对湿度 82%，灾害性天气是寒潮和台风。

保护区位于西江中下游，区内两条溪流（称东坑和西坑）发源于西北部的鸡笼山，从西北流向东南，汇合于保护区的入口处流入西江。两条溪流全长12公里，水流终年不断。