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中心下设业务管理办公室、质量管理[[办公室]] <ref>[https://gov.sohu.com/a/592840207_120012559 办公室岗位职责]，搜狐，2022-10-15</ref> 、生物安全检验室、畜产品检测室、环境检测室、污染物检测室和品质检测室等7个部门，现有工作人员51人，其中高级职称15人，中级职称18人，初级技术职称18人，博士5人，硕士27人。

中心现分为两个场所进行检验检测服务（生物安全检验室、环境检测室、污染物检测室、品质检测室及管理科室在长春院区，畜产品检测室在公主岭院区）。中心现有检测用房和实验基地面积约12900㎡（其中检测室面积2100㎡，实验基地面积10800㎡），所有场所均严格按照《农业农村部产品质量监督检验测试机构基本条件》和《农业转基因生物安全监督检验测试机构基本条件》的要求进行[[环境]]设施配置。中心配备有液相色谱-三重四级杆线性离子阱复合质谱仪（LC-Q-Trap）、液相色谱-三重四级杆串联质谱仪（LC-MS/MS)、气相色谱-质谱联用仪（GC-MS）、气相色谱-三重四级杆串联质谱仪（GC-MS/MS）、超高效液相色谱仪（UPLC)、液相色谱仪 <ref>[http://news.sohu.com/a/510484321_121019347 液相色谱仪怎么使用?液相色谱仪使用方法] ，搜狐，2021-12-21</ref> （HPLC）、气相色谱仪（GC）、全自动[[氨基酸]]分析仪（AA）、离子色谱仪（IC）、电感耦合等离子发射光谱仪（ICP-AES）、电感耦合等离子体质谱仪（ICP/MS）、原子吸收光谱仪（AAS）、原子荧光光谱仪（AFS）、高通量组织研磨仪、分光光度计、PCR仪、电泳仪等专用检测仪器设备300余台（套）。