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工程院以新技术研发中心和信息技术研发中心并行打造整个神州信息的研发体系，是神州信息技术创新与应用的核心机构。工程院设立金融行业研发中心、政府行业研发中心、数字城市研发中心等众多不同行业研发中心，结合丰富的实践经验与行业前沿技术，为不同的行业提供精专高效的解决方案。

作为行业领先的规模化研发机构，工程院的研发实力获得了国家和行业的高度认可，拥有数百个自主研发的行业应用解决方案和数百个项自主知识产权及软件著作权，并参与了国家尖端技术项目“863计划”和“核高基项目”等的研发。