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1979年1月1日，金陵协和神学院基督徒教员成立南京大学宗教研究所，这是在中国国立大学里成立的第一个宗教专门研究机构。金陵协和神学院院长丁光训任南京大学宗教研究所所长。1980年2月，三自爱国教会常委扩大会议决定南京金陵神学院复校。1981年2月，在全国率先复课（与南京大学宗教研究所施行两块牌子、一套班子，直至1990年代中期），招收了文革后第一批神学生。现在仍是惟一面向各地，并招收研究生的神学院 <ref>[http://www.njuts.cn/wen.asp?ID=1 金陵协和神学院简介 ]，金陵协和神学院， 2007-10-30 </ref> 。

汉中路140号原校址现存百年堂和传教士宿舍两栋砖木结构建筑，该校校长楼即监理会在金陵神学院内所建的百年堂，百年堂因监理会国外布道百周年纪念而得名，四层，坐西向东，传教士宿舍位于其东北侧，三层，坐北向南，目前均为南京医科大学办公楼 <ref>[http://blog.sina.com.cn/s/blog_4cd69daf0102eivo.html 基督教百年堂及宿舍旧址--我思念中的南京！ ]，新浪博客， 2013-3-7 </ref> 。