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1979年，研究所正式提出二级机构设置方案，即设所长办公室、业务处、后勤处和资源利用研究室、农业生态研究室、农业机械研究室、[[农业经济]]研究室、新[[技术]]应用研究室和理化室。新接收了李文祥等26名大学毕业生，又分别从全国各地调入了部分科技骨干，研究所的科研队伍逐渐壮大。
2002年5月，亚热带所进入中国科学院知识创新工程试点序列，并拟改名为中国科学院亚热带区域 [[ 农业 ]] 研究所，后因名称涵盖面太广等原因国家编委未予以批准。
2003年10月16日，中国科学院科发人字287号，研究所被正式批准更名为“中国科学院亚热带农业生态研究所”。