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→按遗传学分类
按遗传学分类的话，两侧对称动物首先按原肠孔的发展去向分为原口动物和后口动物。在形态学分类中的过渡类型触手动物则被全部归到原口动物中。
原口动物接着会按照[[蜕皮假说]]被分为两种：[[蜕皮动物]]和[[冠轮动物]]。蜕皮动物的特征是，这些动物在一种名叫[[蜕皮激素]]（Ecdysone）的作用下，会退去身体表面的[[角质层]]外皮。节肢动物，线形动物，缓步动物和有爪动物都属蜕皮动物 <ref>[http://www.lgbzj.com/forum-viewthread-tid-87635-page-1.html 蜕皮动物产生缘由的解读]，老干部之家</ref> 。冠轮动物的特征是发育经过[[担轮幼虫]]阶段（但有些动物发育过程中并不经历[[幼虫]]阶段，很好的例子是蚯蚓）或是有[[触手冠]]。软体动物门（Mollusca）、环节动物门（Annelida）、纽形动物门（Nemertea）、星虫动物门（Sipunculida）、螠虫动物门（Echiura）、须腕动物门（Pogonophora），苔藓动物门（Bryozoa）、内肛动物门（Entoprocta）、腕足动物门（Brachiopoda）和帚虫动物门（Phoronida）都属于这一[[冠轮动物]]。
这种分类方法没有形态分类学的问题。但也有一些小问题，例如[[有爪动物]]的分类位置（位于[[蜕皮动物]]和[[冠轮动物]]之间）有争议。