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中央新幹線在東京至名古屋中間、山梨實驗線以西的路段需要通過[[日本阿爾卑斯山脈]]地區。然而JR東海無法就選線問題與該路段所屬的地方政府——長野縣獲得共識。在JR東海於2009年12月送交國土交通省的調查報告書中，總共列出了3條線路，分別為JR東海方面自己倡議的、直接貫穿[[赤石山脈]]（南阿爾卑斯）的「C路線」（{{lang|ja|Cルート}}），另外兩條則是長野縣府以促進縣內經濟為由而提出的北彎方案<ref name="前原誠司"/> ，其中的「A路線」行經{{Link-ja|木曾谷|木曽谷}}和木曾福島，「B路線」行經{{Link-ja|伊那谷|伊那谷}}及飯田<ref>{{lang|en|{{cite news | title=LDP OKs maglev line selections | date=2008-10-22| work =[[共同通訊社|Kyodo News]] |publisher=The Japan Times| pages = | accessdate = 2014-10-19}}}}{{en}}</ref>。伊那谷的B路線拉的最長，使東京至名古屋的軌道距離增為346公里、車程47分鐘、造价5.74兆日圓；A路線的數據則為334公里、46分鐘及5.63兆日圓，均超過JR東海提出的C路線<ref>{{lang|en|{{cite news | title=JR Tokai gives maglev estimates to LDP; in favor of shortest route | date=2009-06-19 | work =[[共同通訊社|Kyodo News]] |publisher=The Japan Times | pages = | accessdate = 2014-10-19 }}}}{{en}}</ref>。2010年10月20日，運政審正式宣布JR東海的C方案勝出，並表示該方案的{{Link-en|成本效益|Benefit–cost ratio}}為1.51，而行經伊那谷的B方案僅為1.21。