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中国科学院南京地理与湖泊研究所，坐落于古都南京玄武湖畔，前身系1940年8月在重庆北碚成立的中国地理研究所。1988年1月，改名为中国科学院南京地理与湖泊研究所并沿用至今，是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的中国地理研究所。