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中华民国交通部中央气象局于7月16日晚上22时发布海上台风警报，警戒区域为巴士海峡，同时发布东部、东南部、南部及恒春半岛豪雨特报。莫拉菲横过台湾南部期间，屏东牡丹累积雨量超过240毫米、台东达仁乡土阪超过216毫米、花莲富里211毫米，而花东及屏东沿海累计雨量普遍都超过100毫米。风力方面，苏澳有10级阵风、台北受地形影响有8级阵风；而当时正在举行世运会的高雄地区，到18日仍有8到9级的强阵风。随着莫拉菲远离台湾，中央气象局于7月18日上午8时30分解除海上台风警报并持续发布豪雨特报；而豪雨特报则于晚上9时40分解除。