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纳帕海湿地由于海拔高差明显，形成了丰富多样的植被类型。虽然纳帕海湿地处于山地环境，海拔在 3200m 以上，不利于水生植被的全面发展，但水生植物群落类型及其区系组成却比长江中下游湖泊湿地丰富。鄱阳湖面积比纳帕海大百倍，海拔也较低，但纳帕海的水生植物群落类型却比鄱阳湖多了3个。另一方面，与长江中下游的湖泊相比，纳帕海的水生植被群落也较为复杂，区系组成上以温带成分为主，包含了世界广布、旧世界热带分布、北温带分布、东亚分布、极高山地理成分和淡水湖泊特有植物群落类型等6 大地理成分，而且珍稀濒危和特有物种比例高，不仅具有国内湿地大部分水生植物群落，还具有长江中下游平原湿地所不具有的北极－高山类型 ( 杉叶藻群落 ) 。世界广布的亮叶眼子菜群落、水葱群落、丝草群落、芦苇群落以本带为分布的上限，北极－高山分布的杉叶藻以本带作为分布的下限。纳帕海湿地属寒温带高原季风气候区西部型季风气候。受南北向排列的山地和大气环流的影响，全年盛行南风和南偏西风。干湿季分明，11月至次年5月为明显干季，5 ～ 11 月为明显湿季。纳帕海虽位于中亚热带水平气候带内，但由于地处青藏高原的东南延伸部分，而具明显的高原气候特征，太阳辐射强，年日照时数平均 2180h，气温年较差小，日较差大，长冬无夏，春秋短，年均温5.4℃，最热月7月均温 13.2℃，最冷月 1 月均温－3.7℃， 10℃活动积温 1392.8℃，气温年较差平均 16℃，气温日较差平均可达 20℃，干季时可达 30℃。纳帕海位于多雨区与少雨区的过渡地带，年平均降水量 620mm，每年有霜期约 125 天，9 月至次年 5 月有雪。

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