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全线共设19个车站，其中 饶平到深圳的12站位于广东境内。全线平均站间距28.40公里，站间距最长为44.08公里（漳州南-漳浦），最短为11.19公里（前场-新 角美）。考虑漳州南至漳浦区间距离较长，在该区间远期预留了洋奎站。 厦深铁路全线基本以桥梁和隧道为主，共设桥梁145座，有200余公里。福建境内桥梁50座，广东境内桥梁95座。 最长的桥梁为 漯河特大桥，位于 陆丰市境内。最长隧道为 大南山隧道，位于 普宁市和 惠来县境内，全长12697米。