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由于香港国际机场航空管制员的预见，因而在飞机尚未停定时已经发出紧急服务警号。最终飞机在南跑道翻侧，机身仰卧草坪，右机翼折断及发生火灾 <ref>[https://www.bilibili.com/video/av20577702/?spm_id_from=333.788.videocard.12 1999年中华航空642号班机坠毁香港 现场录像]，哔哩哔哩，2018-03-10</ref> 。当时狂风骤雨，在跑道旁的草坪亦有洪水淹至，现场[[环境]]恶劣，不过往机内猛灌的雨水也抑制了火灾，机场特警组率先赶到，立刻封锁现场并进入反转了的飞机舱内搜索及拯救生还者。机场消防队继而在事发后1分钟内抵达现场，在2分钟内控制火势，及于5分钟内将火扑灭，并且联同其他部门人员再次进入机仓搜索及拯救生还者；两辆救护车辆亦同时抵达现场。晚间7时18分，消防处请求医疗辅助队到场协助，多辆医疗辅助队及[[香港圣约翰救护机构|香港圣约翰救伤队]]救护车辆以及389名人员，由晚间7时40分起被调派赶赴现场；共212名乘客及机组人员分别被送往6家医院。

事后[[香港民航处]]进行之调查报告指出，肇事飞机之机长及副机长需要为意外负上最大责任。报告指出，机长在飞机下降至30呎以后未能够就飞机下降速度过快作出补救，是导致飞机坠毁的直接原因 <ref>[https://www.sohu.com/a/337373610_628944 1999年，华航642航班，台风天中降落香港失事 ]，搜狐，2019-08-29</ref> 。在整个操作过程中，机长并无完全跟从中华航空守则行事；副机长更两次犯错，向机长提供错误资料。报告建议中华航空加强对机师培训，同时需确保机师遵守守则执勤。