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舊金山機場在過去的數載中不斷地擴張。最近一次是在2000年12月以成本十億元興建的新國際線航廈，取代第二航廈。此航廈擁有一個世界級、關於航空的圖書館和博物館<ref>[http://www.sfoarts.org/About/Aviation/ALARC.html 機場航廈展覽(英)] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20060202152724/http://www.sfoarts.org/About/Aviation/ALARC.html |date=2006-02-02 }}</ref>。[[灣區捷運]]的舊金山機場延伸線在2003年6月22日通車。旅客可以在國際線航廈搭乘往舊金山市區和東灣地區的捷運列車。捷運亦提供週間夜間及週末往[[密爾布瑞 (加利福尼亞州)|密爾布瑞]]車站的服務，乘客可以轉乘[[加州通勤鐵路]]往[[聖荷西]]和[[舊金山半島]]，或[[SamTrans]]公車前往舊金山半島，但週間日間往密爾布瑞的旅客必須搭乘往舊金山的列車並在聖布魯諾換車<ref name="BART">{{cite web | title = 灣區捷運系統地圖 | url = http://www.bart.gov/stations/index.aspx | accessdate = 2009年9月 }}</ref>。[[旧金山国际机场旅客捷运系统]]機場運輸系統於2003年開始投入服務，用小型列車接載旅行來往各航厦、停車場、BART車站和租車中心。

在惡劣的天氣下，舊金山機場的四條跑道中只有一條能夠使用，所以經常會有嚴重的延誤。機場計劃者曾提議把跑道延長至[[舊金山灣]]以迎合新一代的超大型客機。根據法例規定，填海所得出來的土地需要在灣內的其他地方去作補償。這些提議都受環保份子的抗議，因為他們害怕會損害在機場附近的生態環境和灣區的水質。

舊金山機場的復甦雖然緩慢確是明顯的。[[冰島航空]]於2005年5月18日開設了舊金山至[[雷克雅維克]]的航班，[[澳洲航空]]也分別於2006年3月和6月14日開設了往[[雪梨 (城市)|雪梨]]和[[加拿大]][[溫哥華]]的航班。[[聯合航空]]於2006年10月將本來往[[首爾]]的季節性航班提升到全年航班，也曾於2007年4月1日恢復往[[臺北]]的直飛航班，以及增加往[[香港]]的班次<ref name=unitedasiaexpansion>{{cite web |url=http://www.united.com/press/detail/0,6862,54554,00.html |title=存档副本 |accessdate=2006-08-10 |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20061130150159/http://www.united.com/press/detail/0,6862,54554,00.html |archivedate=2006-11-30 }} 聯合航空將增加往亞太地區航班。2006年8月7日摘錄</ref>。[[聯合航空]]也申請了飛往[[廣州]]的權利<ref name=guangzhou>http://www.united.com.ar/press/pressroom/2004/us_0831.html 聯合航空申請往廣州航線。2006年8月7日摘錄</ref>。但這些航線在2008年油價高漲之後均有所調整，冰島航空撤出舊金山機場，澳洲航空亦取消往溫哥華的班次，聯合航空取消廣州航線，直飛台北航線改中停東京，香港和首爾均改為一天一班。另外，本機場在2006年底成為[[維珍美國航空]]（Virgin America）的主要樞紐。

== 航廈規劃 ==

=== 第一航廈 ===