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病原微生物是指可以侵犯人體，引起感染甚至傳染病的微生物，或稱病原體。病原體中，以細菌和病毒的危害性最大。病原微生物指朊毒體、寄生蟲（原蟲、蠕蟲、醫學昆蟲）、真菌、細菌、螺旋體、支原體、立克次體、衣原體、病毒。
某些病原體反覆接觸某些化學治療藥物後，其反應性不斷減弱，以致最後病原體可抵抗該藥而不被殺滅或抑制，這就是病原體對藥物的耐受性，稱為耐藥性或抗藥性。產生抗藥性的主要原因是藥物劑量不足或長期使用某種藥。許多細菌和寄生蟲都會發生抗藥性。病原體產生了抗藥性，常使療效減小或完全失效。抗藥菌株具有遺傳性，因此，在治療疾病時要嚴格掌握適應症，防止濫用藥物。
簡介
微生物(microorganism)是存在於自然界的一群體形微小、結構簡單、肉眼看不見、必須藉助光學或電子顯微鏡放大數百倍、數千倍甚至數萬倍才能觀察到的微小生物。微生物在自然界廣泛存在，但只有部分微生物可以侵犯人體引起疾病，這些微生物被稱為病原微生物或病原體。病原微生物與人類之間進行着長期而複雜的鬥爭，病原微生物通過不斷繁殖、變異和進化，增強自己的毒力或致病力是人類疾病的罪魁禍首，人類則通過機體強大的免疫系統消滅、排出、戰勝入侵的病原微生物。病原體侵入人體後，人體就是病原體生存的場所，醫學上稱為病原體的宿主。病原體在宿主中進行生長繁殖、釋放毒性物質等引起機體不同程度的病理變化，這一過程稱為感染。不過人體或動物不像人工培養細菌的培養基，可以讓病菌不受限制地肆意生長繁殖，輕易地導致機體死亡。病原體入侵人體後，在發生感染的同時，能激發人體免疫系統產生一系列免疫應答與之對抗，這稱之為免疫。[1]
感染和免疫是一對矛盾，其結局如何，根據病原體和宿主兩方面力量強弱而定。如果宿主足夠強壯，可以根本不形成感染；即使形成了感染，病原體也多半會逐漸消亡，於是患者康復；如果宿主很虛弱而病原體很兇猛，則感染擴散，病人將會死亡。
除了宿主自身的力量，有效的抗菌藥物和其它措施的協同作用也是必不可少的，在多種因素的共同作用下，大多數疾病是可以很快治好的。依靠不斷發展的科學進步，總是能夠不斷控制和消滅有害人類和動物的微生物。
有研究表明，澆灌糞肥的蔬菜會被病原微生物污染，距離施肥時間越近，蔬菜表面大腸菌群數量越多，用自來水浸泡、沖洗等方法對去除蔬菜表面的大腸菌群有一定效果，其中以沖洗效果最佳。此外，最好的殺滅蔬菜病原菌的方法是沸水浸泡。
結構與生物特性
細菌(bacteria)的生物學分類屬於原核細胞生物界，廣義的細菌概念包括所有原核細胞型微生物，有細菌、放線菌、衣原體、支原體、立克次氏體和螺旋體；狹義的細菌的概念專指其中的細菌。它種類繁多，數量龐大，最具代表性，一般情況下通常是指狹義概念的細菌。
1．細菌的大小形態細菌是肉眼看不見，需經顯微鏡放大幾百倍或一千倍才能看見的微小生物。通常以微米(μm)為測量單位。由於細菌是透明的，因此，要經過染色，才可以看見它們的輪廓、形態，甚至結構。通常，電鏡觀察細菌的超微結構時用nm（1/1000μm）測量其大小，光鏡觀察細菌時用μm( 1/1000 mm)測量。當然，不同的細菌，甚至有時同一類細菌也可因菌齡、細菌生長所處的環境因素不同，其大小、形態都有不同或有一定程度的差異。
臨床最常用的細菌染色方法是革蘭染色法。經過革蘭氏染色可將細菌分為兩大類：紫色的是革蘭氏陽性菌，紅色的是革蘭氏陰性菌。由於兩類細菌的細胞壁結構不同，決定了其染色性不同，且對人體的致病性和對抗生素的敏感性也有較大差異。結核桿菌革蘭氏染色法不着色，經抗酸染色後呈紅色。
2．細菌的分類細菌的分類是根據每種細菌各自的特徵，並按照它們的親緣關係分門別類，以不同等級編排成系統。有兩種分類法：①以細菌的形態和生理生化特性為依據的表型特徵分類法；②用化學分析和核酸分析，以細菌大分子物質（核酸、蛋白質）結構的同源程度進行分類。
細菌的分類等級和其他生物相同，依次為界( kingdom)、門(division)、綱( class)、目(order)、科(family)、屬(genus)、種(species)。細菌屬於原核生物界( procaryotae)。細菌常用的分類單位是屬和種。種是細菌分類的基本單位，將生物學性狀基本相同的細菌群體歸成一個菌種；性狀相近，關係密切的若干菌種組成一個菌屬。由不同來源分離的同一種、同一亞種或同一型的細菌，稱為株( strain)。株的建立是從一次單獨分離物的單個原始菌落傳代的純培養物，例如，從10個肺結核患者的痰液中分離出的IO株結核分枝桿菌。[2]
3．細菌的形態細菌的基本形態有球狀、杆狀、螺旋狀，根據形態特徵將細菌分為球菌、桿菌和螺形菌三大類。
4．細菌的結構 (1)細菌的基本結構。各種細菌都具有基本結構，包括細胞壁、細胞膜、細胞質和核質四部分。細胞壁是位於細菌的最外層的一層質地堅韌而略有彈性的膜狀結構，其化學成分複雜，並隨着不同細菌而異。細胞膜是由磷脂和多種蛋白質組成的單位膜，其主要功能是物質轉運、生物合成、分泌和呼吸等作用，是細菌滲透屏障和賴以生存的重要結構。細胞質是細胞膜所包裹的溶膠狀物質，基本成分是水、蛋白質、核酸和脂類，是細菌合成代謝和分解代謝的場所。細菌的核質具有細胞核的功能，決定細菌的生命活動，控制細菌的生長、繁殖、遺傳、變異等多種遺傳性狀。細菌的基本結構對於細菌的鑑定及致病性、免疫性都有重要作用，特別是細菌質粒已廣泛應用於分子生物學的實驗中。
(2)細菌的特殊結構。某些細菌除了具有基本結構外，還有莢膜、鞭毛、菌毛、芽孢等特殊結構。
①莢膜。某些細菌在生長過程中在細胞壁外形成一層界限較為明顯，質地均勻的黏液性物質，其厚度大於0.2μm，稱為莢膜。莢膜充當分子篩和黏附素的作用，並具有抗原性及抗吞噬的功能。
②菌毛。菌毛是許多革蘭陰性菌及少數革蘭陽性菌菌體表面附着的一種細短而直感的蛋白性絲狀物，在電子顯微鏡下才能看到。菌毛可分為普通菌毛和性菌毛，前者與細菌的致病性有關，後者可在細菌之間傳遞遺傳物質，如使細菌獲得產毒或耐藥性等新的遺傳性狀。
③鞭毛。鞭毛由蛋白質構成，是細菌的運動結構。弧菌、螺菌、占半數的桿菌及少數球菌由其細胞膜伸出菌體外細長呈波狀彎曲的蛋白性絲狀物，使細菌可在適宜的環境中自由運動，具有抗原性，與致病性有關。
④芽孢。芽孢是某些革蘭氏陽性細菌在不利於生長的環境中形成的有抗性的休眠體，增強細菌抵抗外界不良環境的能力。能否殺滅芽孢是臨床判斷滅菌效果的一項指征。
5．細菌的致病物質細菌的致病物質主要包括細菌的菌體表面結構、侵襲性酶及毒素。
菌體表面結構有兩類，一類具有黏附作用的結構，如磷壁酸、多包被、菌毛等；另一類是具有抗吞噬作用的結構，如莢膜、微莢膜、A型鏈球菌的M蛋白、金葡菌的A蛋白等。侵襲性酶是細菌合成分泌的胞外酶，一種有抗吞噬作用的酶，如金黃色葡萄球菌產生的血漿凝固酶，可在細菌周圍形成纖維蛋白包裹層，抵抗人體吞噬細胞和補體、抗體的作用，保護細菌。另一種可幫助細菌在體內擴散的酶，如A型鏈球菌產生的透明質酸酶。
細菌的毒素有內毒素和外毒素。內毒素是革蘭氏陰性細菌細胞壁的脂多糖，在細菌死亡裂解時釋放，對人和動物有毒性，被稱為內毒素，其主要成分是類脂A。由於多數革蘭氏陰性細菌的內毒素類脂A化學組成相似，因此對人類產生的致病作用也相似，主要是引起機體發熱、白細胞數量的改變、內毒素血症和休克、彌散性血管內凝血(DIC)等。重度革蘭氏陰性細菌感染時，大量內毒素直接激活凝血系統，最終導致嚴重的臨床綜合徵而死亡。外毒素是由活致病菌產生的蛋白性物質，又稱為分泌性毒素，毒性強烈且具有組織器官特異性。根據外毒素作用靶細胞的不同，外毒素可分為神經毒素、細胞毒素和腸毒素。
分類
根據病原微生物的組成及結構，可將其分為三大類：
非細胞型微生物 主要包括病毒和朊粒等。病毒無細胞結構，僅由蛋白質外衣包裹核酸構成，如甲型肝炎病毒、SARS冠狀病毒等。朊粒是一種感染性蛋白質分子，能夠引起動物和人類腦組織慢性海綿體變性，如瘋牛病及人類的庫魯病。
原核細胞型微生物 由裸露的DNA盤繞形成原始核質，沒有核膜和細胞器，包括細菌、立克次體、衣原體、支原體、螺旋體，屬於廣義的細菌範疇。
真核細胞型微生物 包括真菌、原蟲等。此類微生物具有核膜和複雜的細胞器，如引起瘧疾的瘧原蟲及引起皮膚病的黴菌等。