畜禽養殖發酵床微生物組多樣性
內容簡介
本書是「畜禽糞污微生物治理及其資源化利用叢書」 的一個分冊，主要介紹了發酵床微生物組研究方法、養豬 原位發酵床微生物組多樣性、養豬飼料發酵床微生物組多 樣性、發酵床豬腸道與皮毛微生物組多樣性、養牛原位發 酵床微生物組多樣性、養羊原位發酵床微生物組多樣性、 異位發酵床微生物組多樣性等內容。
本書具有較強的系統性和應用性，可供從事畜禽養殖 、環境保護、生物農藥、生物肥料、微生物菌劑和微生物 研究科研人員、技術人員和管理人員參考，也可供高等學 校環境科學與工程[2]、生物工程、農業工程、生態工程及相 關專業師生參閱。
目錄
章 緒論
節 微生物發酵床畜禽養殖原理
第二節 發酵床微生物群落研究進展
第三節 細菌群落宏基因組研究進展
第四節 真菌群落宏基因組研究進展
第二章 發酵床微生物組研究方法
節 概述
一、微生物宏基因組學
二、微生物宏基因組數據分析
三、微生物宏基因組分析方法
第二節 研究方法
一、發酵床墊料樣本採集及墊料理化性質測定
二、發酵床墊料的發酵程度等級劃分
三、宏基因組高通量測序
四、宏基因組測序數據質控
五、分類操作單元聚類分析
六、分類操作單元抽平處理
七、核心微生物組分析
八、物種分類和豐度分析
九、樣本複雜度分析
十、顯著性差異分析
第三節 發酵床微生物高通量測序與統計工作流程
一、微生物組高通量測序
二、短序列去雜
第四節 微生物發酵床細菌分類操作單元分析
一、發酵床細菌分類操作單元提取
二、發酵床細菌分類操作單元比對
三、發酵床細菌分類操作單元抽平處理
四、發酵床細菌分類操作單元稀釋曲線
五、發酵床細菌分類操作單元群落α-多樣性
六、發酵床部分樣本微生物物種譜系演化
第五節 微生物發酵床核心微生物組分析
一、發酵床微生物組共有OTU數與覆蓋樣本數關係
二、微生物發酵床冬季和春季共有和特有微生物組OTU數分析
三、發酵床微生物組OTU豐度主成分分析
四、發酵床微生物組OTU秩-多度曲線
五、發酵床微生物組OTU物種累積曲線
六、發酵床微生物組OTU分類階元數量分布
七、發酵床微生物組OTU豐度柱狀圖分析
八、發酵床冬季和春季微生物組OTU豐度柱狀圖分析
九、發酵床微生物組OTU物種熱圖分析
十、發酵床微生物組OTU物種星圖分析
第六節 發酵床微生物組OTUα-多樣性種類複雜度分析
一、發酵床單個樣本微生物組OTU種類複雜度分析
二、發酵床冬季和春季微生物組OTU箱線圖分析
三、發酵床微生物組OTUα-多樣性指數秩和檢驗
第七節 發酵床微生物組OTUβ-多樣性種類複雜度分析
一、發酵床樣本間微生物組OTUUniFrac距離
二、發酵床樣本間微生物組OTUUniFrac距離聚類分析
三、發酵床樣本間微生物組OTU主坐標分析
參考文獻
- ↑ 化學工業出版社有限公司簡介，化學工業出版社有限公司
- ↑ 環境科學，中國教育在線