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迴文序列遺傳學上講的迴文序列指的是雙鏈DNARNA分子中的特定的核苷酸片段,該片段在其中一條鏈上按5'到3'讀取的序列與其互補鏈上按相同的5'到3'讀取的序列一致。迴文序列的單鏈DNA或RNA,存在對稱中心,對稱中心兩側鹼基關於該對稱中心對稱,可形成互補。故迴文序列能夠形成髮夾結構(莖環結構)。

迴文序列廣泛存在於各種生物體基因組中,主要和轉錄終止有關,也是限制性內切酶酶切位點,還參與DNA複製等生命活動。

中文名:迴文序列

外文名:Palindromic sequence

存在位置:DNA、RNA、多肽

釋義

如果一個(單鏈)核苷酸的序列和它的反向互補鏈的序列一樣,那麼這個核苷酸序列就是迴文序列。迴文序列結構不僅在DNA中存在,在RNA中也常因鹼基的互補而常出現類似的結構,有利於穩定RNA的結構和行使功能 。迴文序列也經常出現在組成蛋白質的肽序列中,但它們在蛋白質功能中的作用尚不清楚 [1]

短的迴文結構可能是一種特別的信號,如限制性內切酶的識別序列。較長的迴文結構容易轉化成髮夾結構,可能有助於DNA與特異性DNA結合蛋白結合 ;[2]

特徵與功能

特徵

有對稱中心。例如,DNA序列ACCTAGGT之所以是迴文序列,是因為它的互補序列是TGGATCCA,而反向互補序列是ACCTAGGT,和其原來序列一致。

功能

1)是限制性內切酶的識別位點;

2)具有調節基因的表達作用,如色氨酸操縱子的前的弱化子

3)轉錄終止時的識別結構;

4)基因工程的"手術刀"。

例子

限制性酶切位點

迴文序列在分子生物學中起着重要的作用。許多限制性內切酶能識別特定的迴文序列並切割它們。比如,限制性內切酶EcoR1識別以下迴文序列:

5'- G A A T T C -3'

3'- C T T A A G -5'

甲基化位點

迴文序列也可能有甲基化位點。這些是甲基可以附着在迴文序列上的位點 [3]

T細胞受體中的回文核苷酸

T細胞受體(TCR)基因的多樣性是通過從其生殖系編碼的V、D和J段重新排列後的插入核苷酸而產生的。在V-D和D-J連接處的核苷酸插入是隨機的,但其中的一些小的子集插入是例外,一到三個鹼基對反向重複生殖系DNA的序列。這些短的互補的迴文序列稱為P核苷酸 ;[4]

視頻

Python算法實戰|最長回文子序列

參考文獻

  1. [Giel-Pietraszuk, M., Hoffmann, M., Dolecka, S., Rychlewski, J., Barciszewski, J .Palindromes in proteins. :J. Protein Chem,2003:22 (2), 109–113]
  2. [Larionov, S., Loskutov, A., Ryadchenko, E .Chromosome evolution with naked eye: palindromic context of the life origin :Chaos,2008:18 (1), 013105]
  3. [Elhai, J. Highly iterated palindromic sequences (HIPs) and their relationship to DNA methyltransferases:Life,2015:5(1), 921-948]
  4. [Srivastava, S.K., Robins, H.S .Palindromic nucleotide analysis in human T cell receptor rearrangements: PLOS ONE, 2012:7 (12), e52250]