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肉毒桿菌（學名：Clostridium botulinum）是一種生長在常溫、低酸和缺氧環境中的革蘭氏陽性細菌。肉毒桿菌在不正確加工、包裝、儲存的罐裝的罐頭食品或真空包裝食品裡，都能生長。肉毒桿菌廣泛分布在自然界各處，比如土壤和動物糞便中。人體的胃腸道也是一個良好的缺氧環境，很適於肉毒桿菌居住。

根據所產生肉毒桿菌毒素抗原性的不同，肉毒桿菌分為A、B、Ca、Cb、D、E、F、G這8個型，能引起人類疾病的有A、B、E、F型，其中以A、B型最為常見。

肉毒桿菌芽孢具有很強的抵抗力，在180℃ 下乾熱5-15分鐘，100℃ 下濕熱5小時，或高壓蒸氣121℃ 30分鐘，才能殺死肉毒桿菌芽孢。