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1895年5月23日， [[ 唐景崧 ]] 發表「台灣民主國獨立宣言」，5月25日台灣民主國成立，唐景崧為大總統，[[劉永福]]為大將軍，丘逢甲為義勇軍統領，年號永清，唐駐守 [[ 台北 ]] ，逢甲奉命駐兵南崁。5月6日，日軍在澳底登陸，進佔基隆，猛攻獅球嶺，唐景崧乘 [[ 德國 ]] 輪船走 [[ 廈門 ]] ，逢甲知事無可為，乃回台中，5月16日，日軍入台北城，連下大嵙崁、新竹，他與道員林朝棟協守 [[ 台中 ]] ，他們於新竹一帶與日寇血戰20餘晝夜，犧牲的將領中有不少是他的學生，如 [[ 姜紹祖 ]] （“敢”字營統領）、 [[ 丘國霖 ]] （“誠”字營統領）、 [[ 徐驤 ]] （“捷”字營統領）、 [[ 吳湯光 ]] 等烈士。經過浴血奮戰，終因彈盡糧絕，丘逢甲於同年7月底，在部將勸諫下，乃揮淚內渡大陸，歸返祖籍廣東鎮平縣文福鄉淡定村。回鄉后他筑“念台精舍”培栽后進，把全部精力投入了教育事業中。<ref name=“人民">{{cite web | url = http://tw.people.com.cn/BIG5/26741/51057/51764/3755681.html | title=抗日護台的民族英雄丘逢甲 | language=zh | date=2005-10-10 | publisher=人民網 | author= | accessdate=2019-02-09}}</ref>離台前撰成名句：「宰相有權能割地，孤臣無力可回天；扁舟去作鴟夷子，回首河山意黯然。」

回廣東後，丘逢甲先後主講潮州韓山書院、潮陽東山書院、澄海景韓書院，並與三弟樹甲共同成立「嶺東同文學堂」，教授 [[ 日本 ]] 維新之學。 [[ 光 緒30 緒]]30 年逢甲赴廣州，任廣東學務公所參議。32年任廣州府中學堂監督，34年被推為廣東教育總會會長。宣統元年，廣東諮議局成立，當選諮議局議員，繼被舉為副議長，先生推薦革命黨人古應芬為書記長，鄒魯為書記。宣統三年，武昌起義，各省紛紛響應，9月18日，廣東諮議局通過宣佈獨立，9月19日，推胡漢民為都督，9月22日，[[胡漢民]]派丘逢甲為各省都督府代表聯誼會廣東省三代表之一，11月9日，各省代表選孫文為中華民國第一任臨時大總統，先生預焉。是年，丘逢甲輯其內渡後所作各體詩，編為「嶺雲海日樓詩鈔」。