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秀姑巒溪本身發源於[[花蓮縣|花蓮]]與[[臺東縣|台東]]兩縣之間的[[崙天山]]南側，但整個[[水系]] 的 最遠源流則為其最長支流之[[樂樂溪]] (拉庫拉庫溪) 的支流[[馬霍拉斯溪]]，發源於中央山脈的[[馬博拉斯山]]東側。樂樂溪上游有馬霍拉斯溪、米亞桑溪、塔達芬溪、闊闊斯溪等支流，一般認為樂樂溪本身起點為米亞桑溪、塔達芬溪合流處，其中較長的源流米亞桑溪發源於中央山脈秀姑巒山東側，但那裡並非整個水系的最遠源頭。另外依據經濟部水利署《網際水利地理資訊系統》電子地圖，米亞桑溪與塔達芬溪合流後仍舊稱為米亞桑溪，往東流至與闊闊斯溪會合處，始稱為樂樂溪，其中較長的源流闊闊斯溪發源於中央山脈三叉山、雲峰東峰、南雙頭山一帶，但那裡也不是整個水系的最遠源頭。秀姑巒溪上游原為向東流，因受阻於[[海岸山脈]]，轉而沿花東縱谷向北流，匯集各支流後在[[瑞穗鄉]]往東，經過海岸山脈後，進入[[太平洋]]，是台灣唯一一條切過海岸山脈的溪流。

秀姑巒溪本身全長約81.15公里，而整個水系全長則約104公里，流域面積廣達1790.46平方公里，平均坡度為1:34。可算是台灣東部 的 第一大河川，也是形成花東縱谷[[沖積扇]]的主要河流。主要支流有[[富源溪]]、[[紅葉溪]]、[[豐坪溪]]、[[卓溪]]和[[樂樂溪]]。下-{游}-河口建有[[長虹橋]]。最著名的景點是河床中的巨大白石，稱為漱玉奇景。