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晚年由於逼退已繼位的[[後深草天皇]]，讓另一皇子恆仁即位為[[龜山天皇]]，造成兩系皇統對立，後深草天皇子孫稱為[[持明院統]]，龜山天皇後裔稱為[[大覺寺統]]，雙方後在[[鐮倉幕府]]的調停下決定兩系皇室分別繼任天皇，史稱[[兩統迭立]]。