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为积极响应科学院提出的全面提升各研究所科技创新能力的号召，进一步加强我所与国家创新体系各单元包括大学、地方科研单位、企业的合作与联合，遗传发育所与扬州大学，[[江苏]]沿海地区农业科学研究所和江苏红旗种业有限公司共建的“中国科学院遗传与发育生物学研究所扬州农业高新技术育种中心”（简称“扬州育种中心”）于2005年9月23日在江苏扬州大学正式成立。该中心将利用现代[[生物技术]]手段，改良现有品种，培育高产优质高效新品种，扩大优良品种繁育，开发具有自主知识产权 <ref>[https://www.sohu.com/a/207378023_99938617 自主知识产权与专利的区别] ，搜狐，2017-11-29 </ref> 的系列商业化品种。扬州育种中心的签约与揭牌仪式于当日举行。

扬州育种中心是在具备了天时地利人和的条件下应运而生的。正值国家进入“十一五”和中国科学院进入知识创新三期 “创新跨越，持续发展”的新阶段，符合我院现代农业科技创新基地建设的要求。遗传发育所主要从事生命科学领域的基础研究，在分子生物学 <ref>[https://www.sohu.com/a/406458242_120369972 什么是分子生物学、生物物理学和生物化学？]，搜狐，2020-07-08</ref> 以及农业生物技术研究领域具有良好的研究基础；扬州大学在该领域的基础与应用研究具有独特的优势；江苏沿海地区农科所有高标准水稻育种试验田和制种、繁殖基地，具有成熟的育种经验和扎实的育种队伍；江苏红旗种业有限公司（泰州试验基地）有试验示范农田、稳定的种子繁殖基地和高标准[[种子]]仓库及相应的种子烘干、精选、分级、包装设备，具备科研成果产业化的经营与推广实力。江苏省水稻面积约3500万亩，是我国稻米的重要生产省份，经济发展水平较高，地理位置优越，[[交通]]便利，同时地方政府也十分重视现代农业高新技术的发展。此外，扬州大学与遗传发育所具有20多年愉快的合作基础。各单位本着真诚合作、优势互补、互惠互利、共同发展的精神组建了扬州育种中心。