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电子口岸建设由国务院口岸工作部际联席会议指导，各口岸管理相关部门参与建设，分为中国电子口岸和地方电子口岸 <ref>[https://www.sohu.com/a/502869375_120096963 电子口岸上查不到退税报关单数据的常见原因及解决方法] ，搜狐，2021-11-23</ref> 两个层面。中国电子口岸由国务院16个部委共同建设，中国电子口岸数据中心承建，主要承担国务院各有关部门间与大通关流程相关的数据共享和联网核查，面向企业和个人提供“一站式”的口岸执法申报基本服务；地方电子口岸建设由各地方政府牵头，主要承担地方政务服务和特色物流商务服务，地方电子口岸是中国电子口岸的延伸和补充。

中国电子口岸是经国务院批准，由海关总署会同国家发展与改革委员会、工业与信息化部、公安部、财政部、生态环境部、交通运输部、国家铁路局、商务部、中国人民银行、国家税务总局、国家市场监督管理总局、中国民用航空局、国家外汇管理局、农业农村部、自然资源管理部等部门共同建设的跨部门、跨地区、跨行业信息平台。它依托互联网 <ref>[https://www.sohu.com/a/416892593_120792027 互联网的六大特征是什么]，搜狐，2020-09-07</ref> ，将进出口信息流、资金流、货物流集中存放于一个公共数据平台，实现口岸管理相关部门间的数据共享和联网核查，并向进出口企业提供货物申报、舱单申报、运输工具申报、许可证和原产证书办理、企业资质办理、公共查询、出口退税、税费支付等“一站式”窗口服务，是一个集口岸通关执法服务与相关物流商务服务于一体的大通关统一信息平台，并逐步延伸扩展至国际贸易各主要服务环节，实现国际贸易“单一窗口”功能。