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自體免疫疾病泛指人體內免疫細胞攻擊自己身體正常組織細胞，引起病變的疾病。常見的疾病例如紅斑性狼瘡、類風溼性關節炎、乾燥症、硬皮症、僵直性脊椎炎等。
免疫系統就像是我們身體裡的軍隊，免疫細胞就好比身體裡的軍人，不同的軍人執行不同的職務，必須分工合作，相互支援才能維持國家的安全。免疫細胞亦是如此：巨噬細胞是先遣部隊，能夠迅速地吞噬外來的入侵者，但比較會誤殺自身細胞，這時候就需要受過訓練的T細胞幫忙；T細胞分為輔助T細胞、抑制T細胞和細胞毒殺T細胞，由於受過胸腺學校訓練，能夠精密地擬定作戰策略，精準調控作戰方向；B細胞會經由T細胞的協助，辨識外來物並製造適合的武器(抗體)攻擊；自然殺手細胞就有點像是化學兵，用帶有破壞性的酶摧毀受感染的細胞或生長異常的細胞，例如癌細胞。不同的免疫細胞各具有不同的功能，如果我們身體裡的軍人敵我不分，不去擊退外來的敵人(病毒、細菌或是癌細胞)，反而攻擊自己，病變就會發生了。
==常見的自體免疫疾病==
===紅斑性狼瘡===
好發於女性，由於基因異常導致T細胞反應過度，並刺激B細胞產生過量的自體抗體。自體抗原抗體結合，產生免疫複合體到處沉積，在皮膚就造成皮膚疹，在關節滑膜就造成滑膜發炎關節疼痛，在腎臟則造成腎絲球發炎進而腎病變。
也是好發於女性，患者因免疫系統失衡，關節滑膜受到免疫細胞直接或間接的攻擊。T細胞產生發炎的分子媒介包含腫瘤壞死因子α(TNF-α)、介白素1(Interleukin-1)、介白素6(Interleukin-6)等，這些發炎細胞激素會刺激巨噬細胞與纖維母細胞分泌軟骨分解酵素，造成關節軟骨的破壞，關節逐漸變形。
好發於20-40歲的男性，典型的症狀有慢性下背痛、晨間脊椎僵硬及運動範圍受限。患者通常帶有HLA-B27抗原，與關節處的抗原(來源可能是感染的細菌片段或代謝產物)結合，形成複合體，變成免疫細胞攻擊的目標。
==營養與免疫系統==過去對於自體免疫疾病的治療多半必須依賴免疫抑制劑，但免疫抑制劑同時也會造成我們抵抗外在感染的能力下降，稍微接觸病原體(細菌、病毒)，就可能演變成嚴重的感染症。現在有許多的醫學文獻證實營養與免疫系統健康的關係，補充維生素E可以輔助胸腺中T細胞的分化，修復免疫系統缺陷。補充維生素C能夠加強巨噬細胞的功能，大幅強化對抗細菌感染的第一線防禦。補充類胡蘿蔔素可以增加輔助T細胞和自然殺手細胞的數量和功能。缺乏鋅可能使淋巴球減少及免疫系統的重要刺激物胸腺荷爾蒙降低，補充鋅不僅可以提升免疫系統作用，而且也可以抑制病毒的複製。此外，穀胱甘肽、輔酶Q10、硒也都被證實與免疫系統健康息息相關。<ref>[http://www.an-ho.com.tw/tw/index.asp?au_id=38&sub_id=53 認識 自體免疫疾病]， 認識 自體免疫疾病-安禾診所</ref>