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1913年國會大選，國民黨大獲全勝，宋教仁正欲循歐洲「內閣制」慣例，以[[黨魁]]身分組閣之際，3月20日，被[[袁世凱]]所雇殺手刺殺於上海火車站，子彈從後背射入體內，兇手開槍後逃逸。宋教仁疼痛難忍，他用手把于右任的頭拉到胸口，喘息地說：“吾痛甚，殆將不起，……我為調和南北事費盡心力，造謠者及一班人民不知原委，每多誤解，我受痛苦也是應當，死亦何悔”。當時在火車站送行的[[黃興]]、[[于右任]]、[[廖仲愷]]將宋教仁送往滬寧鐵路醫院急救，手術後，情況沒有好轉，大小便中出血嚴重，22日淩晨4時48分不治身死。年僅32歲。身故後，宋教仁之墓安在上海市的[[閘北]]公園。<ref name=“新華網">{{cite web |url=http://www.xinhuanet.com/politics/2018-04/10/c_1122660483.htm | title= 为国捐躯宋教仁 | language=zh | date=2018-04-10 | publisher=新華網 | author= | accessdate=2019-02-09}}</ref>

從[[北一輝]]所著之「支那革命密史」與宋教仁留下的手稿發現，宋教仁與孫中山在[[同盟會]]時期即早有路線之爭。孫中山力主在中國邊境省份，連絡會黨等舉事，而宋教仁則力主在長江中下游連絡新軍展開革命。孫中山在廣東策畫之[[黃花崗]]起義失敗後，[[光復會]]系統之[[章炳麟]]，又因質疑孫中山貪瀆[[同盟會]]會款，而在南洋散發「孫文罪狀」一文，並憤而帶顉光復會系統之舊成員退出同盟會，同盟會已名存實亡，[[華興會]]系統之領導者宋教仁亦對孫中山感到失望，而與[[黃興]]轉而在長江中下游組織革命，與長期主張在邊境進行革命之孫中山漸行漸遠。宋教仁的日記裡描述，孫文不但待人接物的胸襟狹窄，缺乏誠意。而且專制跋扈，令人難以忍受、認同<ref>[[黃文雄]]《國父與阿Q》</ref>。

袁世凱之子[[袁克文]]時在上海，勸父親通電自辯，袁世凱回答說：“我代人受過的事情多了，從不自辯。我雖然沒殺宋，宋還是因我而被殺，我還自辯什麼呢……我如果要殺宋，不必在召他前來之際﹔或者等他來了，陷以罪名亦可。如果要殺宋，那麼反對黨如孫文、黃興、陳其美輩皆可殺，為什麼非要選一個幫助我組閣、並且聲明組閣不用黨人的宋教仁呢？……只是我必殺應夔丞，為宋教仁報仇。 ”<ref name=“cpc"/>

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