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他家学渊博，三十八岁时，正式做太史令。后因为李陵辩护遭受腐刑。他忍受着身体和心灵的巨大折磨，为完成他父亲的遗愿撰写《史记》，并于公元前91年完成全书。<ref>[httphttps://wwwmp.qulishiweixin.qq.com/renwu/simaqian/ s?src=11&timestamp=1630894552&ver=3297&signature=FaW7gyj*z7y1*CCvgjXwWt4T7TOkmv8twHEpSKC0JZS9oxN0f9-Ii90-3un8rbvNqC6ieQeOEEeuy5enqo4DX4SOnUHXEhKhj9OtksnOIDosqa9vL8so*oMrTVU4Ewpu&new=1 论 司马迁 ——编著《史记》，开创纪传体史学精神]， 趣 中国国家 历史，2020-01-23</ref> 。 。

[[ 汉武帝元鼎六年]] （前111年），驰义侯授命平定西南夷，中郎将郭昌、卫广率八校尉之兵攻破且兰，平南夷。夜郎震恐，自请入朝称臣。汉军又诛邛君，杀笮侯，冉震恐，请臣置吏。随后汉武帝在西南夷设置武都、牂柯、越巂、沈黎、文山五郡。而此时正随汉武帝东行巡幸缑氏的司马迁在继唐蒙、司马相如、公孙弘之后，再次出使西南，被派往巴、蜀以南筹划新郡的建设。随后又抚定了邛、榨、昆明，在第二年回朝向武帝覆命。

司马迁与上大夫壶遂讨论文学之时曾说过：“我听董生说：‘周朝王道衰败废弛，孔子担任鲁国司寇，诸侯害他，卿大夫阻挠他。孔子知道自己的意见不被采纳，政治主张无法实行，便褒贬评定二百四十二年间的是非，作为天下评判是非的标准，贬抑无道的天子，斥责为非的诸侯，声讨乱政的大夫，为使国家政事通达而已’”。而纵观《史记》可知董仲舒之公羊学对司马迁的影响主要为：其一，公羊家颂扬汤武革命，主张以有道伐无道，成为《史记》反暴政的思想基础；其二，公羊家"尊王攘夷"，主张"大一统"的思想，成为《史记》贯串全书的主要观念；其三，公羊家崇让、尚耻之义是《史记》褒贬历史人物的道德标准 。<ref>[http://www.hengqian.com/html/2009/3-5/a152927705.shtml 中国第一部纪传体通史作者-司马迁]，恒谦教育，2009-03-05 </ref> 。

因孔安国为孔子后人，家中有当世失逸的《古文尚书》十余篇，并兼通今古文学。故而司马迁亦尝就《古文尚书》问故于孔安国，学习古文经学的故训，以及别择古文资料的古文学，掌握考信历史的方法。而《古文尚书》作为整个古文学的核心，司马迁写上古三代史亦从中作了大量的引用 。<ref>[http://www.hengqian.com/html/2009/3-5/a152927705.shtml 中国第一部纪传体通史作者-司马迁]，恒谦教育，2009-03-05</ref> 。

司马迁曾在《史记·孔子世家》给给予孔子“高山仰止，景行行止。”的高度赞扬。其亦吸收孔子学说和六艺经传的精华，效法孔子精神，继《春秋》作《史记》，完成一代大典 。<ref>[http://www.hengqian.com/html/2009/3-5/a152927705.shtml 中国第一部纪传体通史作者-司马迁]，恒谦教育，2009-03-05</ref> 。

[[ 汉武帝天汉二年]] （前99年），武帝想让李陵为出酒泉击匈奴右贤王的贰师将军李广利护送辎重。李陵谢绝，并自请步兵五千涉单于庭以寡击众，武帝赞赏李陵的勇气并答应了他。然而，李陵行至浚稽山时却遭遇匈奴单于之兵，路博德援兵不到，匈奴之兵却越聚越多，粮尽矢绝之后，李陵最终降敌。武帝愤怒，群臣皆声讨李陵的罪过，唯有司马迁说：“李陵侍奉亲人孝敬，与士人有信，一向怀着报国之心。他只领了五千步兵，吸引了匈奴全部的力量，杀敌一万多，虽然战败降敌，其功可以抵过，我看李陵并非真心降敌，他是活下来想找机会回报汉朝的。”然而，随着公孙敖迎李陵未功，谎报李陵为匈奴练兵以期反击汉朝之后，武帝族了李陵家，而司马迁也以“欲沮贰师，为陵游说”被定为诬罔罪名。诬罔之罪为大不敬之罪，按律当斩。