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陈恩凤先生自幼天资聪颖，学习成绩优良。1933年毕业于金陵大学，并被学校推荐到中央地质调查所土壤研究室（中国科学院南京土壤研究所的前身）任调查员，在美籍专家指导下从事土壤调查工作。在掌握了一定的土壤地理知识之后，为进一步深造，于1935年去德国留学，在克尼堡（Konigsberg）大学研究院攻读土壤肥力学，其导师为国际知名土壤肥力学家、密氏定理的创始人——密希里（E．A．Mitscher Lich）。1938年春，陈恩凤完成了题为《厩肥施入土内在生长季节的分解》的学位论文，获理学博士学位。该论文于当年秋在《德国农业年报》上发表。

1938年6月回国，继续在中央地质调查所土壤研究室工作，晋升为技师，主要从事土壤团粒稳定性测定方法和人畜粪中氮素保存方法的研究。1940年转入设在重庆北碚的中国地理研究所，任副研究员，从事土壤地理研究，并在当时内迁重庆北碚的复旦大学农学院兼课。1943年8月受聘转入复旦大学任教授，1946年随复旦大学迁回上海，任农艺系主任。

中华人民共和国成立后，陈恩凤继续任复旦大学农艺系主任。1952年全国院系调整，复旦大学农学院迁至沈阳与东北农学院的几个系合并成立沈阳农学院，他改任土壤农化系主任，1957年任沈阳农学院副院长，1978年任院长。在此期间，1953年受中国科学院委托筹建东北地区的土壤研究机构，兼任中国科学院土壤研究所东北分所筹备处副主任。后正式成立中国科学院林业土壤研究所，陈恩凤兼任该所农化研究室主任。1961—1964年一度兼任中国农业科学院辽宁分院副院长。