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<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2000年10月18日， [[ 蔡仁堅 ]] 任內出席在 [[ 南京 ]] 召開的第二屆世界科技城市會議。這是自2000年5月[[陳水扁]]就任以來，前往 [[ 中國大陸 ]] 訪問的級別最高的 [[ 民進黨 ]] 人士。此次， [[ 蔡仁堅 ]] 訪問的 [[ 中國大陸 ]] 城市除了 [[ 南京 ]] 外，還有 [[ 廈門 ]] 和 [[ 上海 ]] 。 [[ 蔡仁堅 ]] 當時表示，兩岸交流應該以務實的方式進行，而科技和文化的交流無疑是最沒有衝突性的。他說，在他兩年多的市長任內，共接待了至少20個 [[ 中國大陸 ]] 考察團體，其中包括10位以上的中國大陸縣、市長，他 希望 期則 此次 訪問 大陸 行 能為兩岸關係的解凍盡點力。然而其當時作法卻被認為已被中共所統戰`,但他強調他的國家認同立場是以更歷史宏觀的角度來思考台灣的過去、現在與未來。其於2015年提出 [[ 中華民國 ]] 第三共和說，從論述上顯著的與 [[ 民進黨 ]] 、 [[ 台灣 ]] 獨立有著區隔，認為應和 [[ 中國 ]] 協調開啟第三共和，才有機會把社會裂縫彌補縫合，“國家認同”混亂能夠澄清，把整體國民的意志彰顯。也在2016年， [[ 民進黨 ]] 執政後多次批評[[民進黨]]與[[蔡英文]]的對中論述，認為 [[ 民進黨 ]] 與 [[ 蔡英文 ]] 對中立場模糊。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">任內 [[ 蔡仁堅 ]] 也曾經與時任[[新竹市政府文化局]]局長[[璩美鳳]]交往，交往時間為期不長即分手，市長連任就選失利後， [[ 璩美鳳 ]] 受到知心友人的陷害牟利，併同周刊的商業利益而爆出光碟事件，炒沸當時 [[ 台灣 ]] 社會及輿論， [[ 蔡仁堅 ]] 受此一事件牽連而被一併控告，唯 [[ 璩美鳳 ]] 於一審後即對 [[ 蔡仁堅 ]] 主動撤告 。 。2014年3月28日， [[ 蔡仁堅 ]] 表明有意再次競選 [[ 新竹市 ]] 長，朋友告訴他，過去的流言、 [[ 璩美鳳 ]] 事件等一定會「萬箭齊發、萬箭穿心」，因而向 [[ 璩美鳳 ]] 道歉， [[ 璩美鳳 ]] 得知後，落落大方表示「接受他的道歉」並公開祝福他的參選。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2001年市長連任失利及 [[ 璩美鳳 ]] 事件飽受爭議之後， [[ 蔡仁堅 ]] 便往返海峽兩岸從事所喜愛的探討 [[ 新竹市 ]] 文史與史蹟考察的工作，也曾在[[福建]][[廈門大學]]兼課任教，過著「閉門讀書、出門采風」的生活，但期間仍持續關心 [[ 新竹市 ]] 的政治，幫多組 [[ 民進黨 ]] 候選人公開站台。並嘗試參與許多台商投資中國案件，包含 [[ 康定縣 ]] 的康定新城台商投資開發案、 [[ 漳州 现 ]]現 代 农业 農業 投 资环 資環 境 说 說 明暨 庐 廬 江 台湾农 臺灣農 民 创业园 創業園 重 点项目 點專案 推介 会 會 、洛陽市純凈水投資 案 案等。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">任內曾因聯電案引發違法徵收回饋金爭議而遭起訴，全案從2000年間至2003年，歷經三年多的時間偵查和審理，[[新竹地院]]審理終結，合議庭法官以證據不足判決無罪， [[ 蔡仁堅 ]] 親自出庭聆判，他表示對於這項判決結果雖然感到高興，但這項遲來的正義卻也無法彌補對他所造成的傷害（因判決結果出來時已經連任失利）。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">任內於九十年底縣市長選舉時，被指透過前機要秘書 [[ 林則宇 ]] 、選務行政負責人 [[ 張彩蘋 ]] ，將永續就業工程臨時聘僱人員安排進行選務工作，新竹地院於2005年11月2日將當年的機要秘書 [[ 林則宇 ]] 則被判有期徒刑8年，褫奪公權5年，以罪證不足諭知蔡仁堅無罪。</p>