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实验室按照“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，与中国科学院上海生物化学与细胞生物研究所、上海交通大学、南京农业大学、扬州农业大学农学院、世界卫生组织、欧共体、英国伦敦大学、丹麦皇家畜牧科学院、法国农科院、日本原虫病研究中心等国内外多家研究机构与院校建立了良好的合作关系。同时，也欢迎其他有关单位来实验室共同开展研究工作。