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农业部农产品质量安全中心于2002年12月经中央机构编制委员会批准成立,为农业部直属正局级单位。2017年4月，经中央编办批准、农业部党组研究决定，原农业部农产品质量安全中心与农业部优质农产品开发服务中心整合组建为新的农业部农产品质量安全中心，将农业部科技发展中心承担的农业标准、农业质检机构考核评价管理和国际食品法典委员会有关工作职责划入，进一步强化对农产品质量安全监管的业务技术支撑。根据中央编办、农业部批复，新的农业农村部农产品质量安全中心主要负责开展农产品质量安全政策法规、规划标准研究，参与农产品质量安全标准体系<ref>[https://www.sohu.com/a/329614531_692015 农业农村部答复关于完善农产品质量安全体系建设的建议] ，搜狐，2019-07-26</ref>、检验检测体系和追溯体系建设等农产品质量安全监管支撑保障，组织实施农产品质量安全风险评估，开展名特优新农产品发展规划研究和地方优质农产品发展指导等工作。