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究中心为设在依托单位中国水利水电科学研究院的事业性质机构，实行事业单位企业化管理模式。依托单位划拨自筹资金、土地、房产、设备、基础设施等提交“中心”使用。国家发改委划拨资金作为“中心”启动资金，主要用于购置科研开发设备和人才引进。“中心”建成后成为自主经营、自负盈亏、充满生存与发展活力的科技型经济实体。在“中心”运行过程中，各成员单位经济利益关系以“经济合同”方式确定。