曾祖父[[柯賢蔭]]，篤信[[齋教]]（一種以[[佛教]]義理為主的臺灣[[民間宗教]]）[[龍華派]]，長年持齋，為[[新竹縣]][[寶山鄉 (臺灣)|寶山鄉]]印月佛堂管理人。
祖父[[柯世元]]，[[1895年臺灣|1895年]]生於新竹，為家中長子。1924年（[[大正]]13年）從[[臺灣總督府國語學校]]（今國立臺北教育大學）畢業後<ref>[http://r8.ntue.edu.tw/pastalu/04.htm]台北教育大學畢業校友資料，</ref>分發到新竹第一公學校（今新竹國小）當公學校訓導（相當於現在的小學教師）<ref>[http://who.ith.sinica.edu.tw/corrigendumList.action?xmlId=0001094885&dtdId=000088 台灣總督府職員錄]</ref><ref name="官三代?">{{cite news |language = zh-tw |author= |url=http://election.ltn.com.tw/2014/news.php?rno=1&type=breakingnews&no=1159121| title =官三代？柯文哲祖父只是小學教師 | publisher =自由時報| date =2014-11-17| accessdate =2014-11-17}}</ref>。1944年，在[[皇民化運動]]中改日本名為「青山觀也」。1945年，[[國民政府]]來臺後，擔任新竹督學。同年10月以後，由[[臺灣省行政長官公署]]教育處派任至新竹女子高等家政學校（現[[新竹市立建華國民中學]]）當校長<ref>[http://www.chjh.hc.edu.tw/front/bin/ptlist.phtml?Category=1 建華國中歷史]</ref>。1947年[[二二八事件|228事件]]發生，柯文哲父親柯承發回憶當時柯世元開始時將外省籍校長和同事帶到家裡保護，但[[清鄉]]時被軍隊抓去，<ref>{{cite news |language = zh-tw |author= 林修卉|url=http://www.appledaily.com.tw/realtimenews/article/new/20150228/565756/| title=柯P阿公保護外省校長卻被抓 柯爸怒：莫名其妙| publisher =蘋果日報| date =2015-02-28| accessdate =2015-03-03}}</ref>拘禁將近一個月，其間遭毆打，返家後臥床3年多，後於1950年（民國39年），以54歲之齡病逝。<ref>{{cite news |language = zh-tw |author=莫聞 |url=http://e-info.org.tw/node/84447| title =柯文哲看華光社區拆除案：台灣有文明沒文化| publisher =環境資訊中心| date =2013-03-20| accessdate =2014-11-月16}}</ref><ref>{{cite news |language = zh-tw |author=蔡彰盛、王文萱、涂鉅旻 |url=http://news.ltn.com.tw/news/focus/paper/831158?google_editors_picks=true | title =連戰罵渾蛋 柯爸：請留點尊嚴給我們| publisher =自由時報| date =2014年11月16日 | accessdate =2014年11月16日}}</ref>2003年8月2日，陳水扁頒發「228回復名譽證書」給491位受難者及家屬，<ref>[http://www.epochtimes.com/b5/3/8/2/n352609.htm]台228受難者正式獲官方平反</ref>柯家是其中之一，證書長掛柯文哲辦公室牆上。 父親[[柯承發]]，1933年生。中學畢業考取[[臺灣大學醫學系]]，因父臥病至家境陷入困境，且兄已在[[臺大醫學系]]就讀，故以公費就讀新竹師範專科學校。畢業後於新竹市東園國小，任教師32年。<ref>{{cite news |language = zh-tw |author= |url=http://www.ettoday.net/news/20140221/327537.htm | title =柯文哲po臉書感謝「飛躍的羚羊」紀政：讓父支持參選| publisher =ETtoday | date =2014年2月21日 | accessdate =2014年7月16日}}</ref>屆齡申請退休，至南太平洋[[馬紹爾群島]]擔任1年水電方面的監工，以負擔子女學費。回臺後在[[新竹科學園區]]任管理人員，因精通[[日文]]成為日系企業的顧問，家境好轉，<ref>{{cite news |language = zh-tw |author= 黃暐瀚|url =https://tw.news.yahoo.com/blogs/society-watch/%E6%9F%AFp%E7%9A%84%E7%9C%BC%E6%B7%9A-112730517.html | title =柯P的眼淚| publisher =YAHOO!新聞 | date =2014年11月13日 | accessdate =2014年11月13日}}</ref><ref>{{cite news |language = zh-tw |author= |url =http://news.ltn.com.tw/news/politics/breakingnews/1162375 | title =柯父遠赴馬紹爾群島工作 只為讓柯P念醫學院| publisher =[[自由時報]] | date =2014-11-20 | accessdate =2014年11月25日}}</ref>現仍擔任新竹科學園區內3家日系企業的顧問。<ref>{{cite news |language = zh-tw |author=張雅雯、邱玉珍 |url =http://www.chinatimes.com/newspapers/20131010001048-260603 | title =柯文哲老爸：要就選總統| publisher =時報週刊 | date =2013年10月4日 | accessdate =2014年1月21日}}</ref>因其祖父在228事件的遭遇，在柯文哲對外宣稱可能參選臺北市長後，柯承發曾堅決反對他踏入政治。<ref>{{cite news| language =zh-tw| author =| url =http://tw.twent.chinayes.com/Content/20130905/kha7l4f2rux4.shtml| title =柯文哲母幫追妻 80歲父阻選台北市長| publisher =NOWnews| date =2013年9月5日| accessdate =2014年1月10日| deadurl =yes| archiveurl =https://web.archive.org/web/20140110091901/http://tw.twent.chinayes.com/Content/20130905/kha7l4f2rux4.shtml| archivedate =2014年1月10日}}</ref>
母親[[何瑞英]]，為退休公務員。柯文哲為長子，其弟是交大資訊管理博士，現任[[中華大學]]助理教授。其-{么}-妹，[[臺大醫學院]]生理所博士，現任臺大醫院眼科主治醫師。
妻子[[陳佩琪]]是臺灣省[[澎湖縣]]人，澎湖[[馬公高中]]、臺灣大學醫學系畢業，現任[[臺北市立聯合醫院]]和平婦幼院區小兒科主任<ref>{{cite web|url=http://webreg.tpech.gov.tw/drview/read.asp?user_id=412|title=陳佩琪 醫師個人檔案}}</ref>。兩人經[[相親]]結婚，婚後育有1子2女<ref>{{cite news |language = zh-tw |url=http://www.appledaily.com.tw/appledaily/article/headline/20110507/33371636/ | title =救人 柯文哲豁出去| publisher =蘋果日報 | date =2011年5月7日 | accessdate =2015年5月28日}}</ref>。
;家系：
{{柯文哲家庭}}
===私人生活===
曾有報導稱柯文哲有[[亞斯伯格症]]，<ref>{{cite news|title=陳佩琪談家中大小亞斯伯格／柯文哲安慰我：「放心，兒子長大 就跟我一樣了啦！」|url=http://www.commonhealth.com.tw/article/article.action?nid=68312&page=2|newspaper=康健雜誌185期|date= 2014-04-01|accessdate=2015-09-25}}</ref><ref>{{cite news|title=談柯P亞斯伯格症 陳佩琪：沉迷專業互動差|url=http://newtalk.tw/news/view/2015-04-13/58880|newspaper=新頭殼newtalk|date= 2015-04-13|accessdate=2015-09-25}}</ref><ref>{{cite news |language = zh-tw |author= 邱玉珍|url=http://mag.chinatimes.com/mag-cnt.aspx?artid=19475 | title =從小是怪咖 柯文哲很白目 全因亞斯伯格症| publisher =時報週刊 | date =2013年5月7日 | accessdate =2014年11月19日}}</ref>柯文哲也曾自稱其具備這種特質，<ref>{{cite news|title=柯：議場像競技場 念金剛經當超度|url=https://tw.news.yahoo.com/%E6%9F%AF-%E8%AD%B0%E5%A0%B4%E5%83%8F%E7%AB%B6%E6%8A%80%E5%A0%B4-%E5%BF%B5%E9%87%91%E5%89%9B%E7%B6%93%E7%95%B6%E8%B6%85%E5%BA%A6-215005982.html|newspaper=中時電子報|date=2015年10月5日|accessdate=2015-10-05}}</ref>但从未正式經過醫師臨床診斷。<ref>{{cite news|author1=葉國吏|title=姚立明爆料 柯文哲患亞斯伯格症|url=http://www.appledaily.com.tw/realtimenews/article/new/20140914/469275/|accessdate=2016-12-01|agency=台灣蘋果日報|date=2014-09-14}}</ref><ref>{{cite news|title=同僚爆料柯文哲患亞斯伯格症 柯文哲：沒診斷過|url=http://dailynews.sina.com/bg/tw/twpolitics/phoenixtv/20140913/18186082647.html|accessdate=2016-12-01|agency=華夏經緯網|date=2014-09-13}}</ref>
柯文哲經常至[[新北市]][[金山區]]的[[法鼓山]]參拜，每天早上會讀《[[金剛經]]》，讓情緒緩和、反省言行。<ref>{{cite news|title=【起底柯P】看透生死 每日讀《金剛經》 |url=http://www.appledaily.com.tw/realtimenews/article/new/20141205/519188/|author=張博亭|newspaper=台灣蘋果日報|date=2014年12月5日|accessdate=2015-10-22}}</ref>