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珍宝岛湿地国家级自然保护区位于穆棱-兴凯平原的局部微承浅水区，主要涵水层为细砂、中粗砂、沙砾石夹亚粘土。境内地下水埋藏较深，并有粘土层间隔，切断了与地表面水的联系，所以对土壤的形成影响很小。含水层厚度一般为40~80m，靠近东方红林业局一带为10~40m，地下水含水层为中细砂，沙砾，大部分地表覆盖有3m左右的亚粘土，形成微承压水，有的靠近河岸地段，砂层直接露出地面，形成潜水。含水层厚度为30~50m，北部丘陵区一般在30m左右，水位埋深，低洼地带2m左右，部分较高地区5m左右，北部低山丘陵30~50m，实测单井出水量70~170T/h。水质以重碳酸钠型为主，矿化度均小于0.5g/L，大部分地区小于0.2g/L，是地矿化淡水，水质良好。

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