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二期工程西起一期工程东端终点，向东继续沿朝阳北路敷设至[[北运河]]后向东南，沿规划北关大道、东关大道、赵登禹大街 <ref>[http://news.cntv.cn/20110409/108157.shtml 区县传真]央视网，2011-04-09</ref> 后下穿北运河，沿运河东大街向东至潞城站并设置一座车辆段，全长约12公里，均为地下线，设置8座车站。二期工程穿过通州新城核心商务区，利用一期和二期开行的快慢车实现通州新城与[[北京]]中心城区的快速连接。

6号线原计划在[[慈寿寺站]]连接S1线，但S1线选用中低速[[磁悬浮技术]]，存在运力不足等问题，因而取消了苹果园站至慈寿寺站的区段，而改由6号线西延至苹果园代替；而最初计划中西延线路最西端为高架，但由于[[环境]]影响问题改为地下线路，并再向西延长一站至金安桥站。6号线西延于2018年12月30日全线通车（但苹果园站 <ref>[https://www.sohu.com/a/389219767_114731 地铁苹果园站封站升级改造 ]搜狐，2020-04-19 </ref> 通过不停车）。