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考古发掘发现，鲻山遗址可分为10个地层，其中表层为耕土层，2层仅有局部分布，发现良渚文化小型墓葬，3层至10层为河姆渡文化层。根据地层关系和遗物，鲻山遗址被分为四期。第一期为9至10层，相当于河姆渡遗址4A层，年代使用碳14测定为公元前5560至公元前4600年。此层主要出土文物为陶器，以夹炭陶为主，出现大量燧石打制石器以及干栏式建筑遗存。第二期为8层，相当于河姆渡遗址3C层，年代测定为公元前4500至公元前4340年。与第一期相比，陶器器型相似，夹砂灰陶增加，打制石器数量减少。第三期为6至7层，相当于河姆渡遗址3A层。此时陶器已经以夹砂陶器为主，打制石器已经很少。第四期为3至5层，相当于河姆渡遗址2层。此层出土陶器主要为夹砂灰陶，泥质红陶也占到了相当比例。