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1949年4月，[[中国人民解放军]]南京市军事管制委员会接管了原中国国民党党史史料编纂委员会和原国史馆的所有档案[[史料]]。这批档案经政务院文化教育委员会决定，交中国科学院近代史研究所设立南京史料整理处。1951年2月1日，南京史料整理处正式成立，设在原中国国民党党史史料编纂委员会旧址。该处先后从[[广州]]、[[重庆]]等地收集、接收了[[国民政府]]的大量档案，并接管了保存在北京的[[北洋政府]]档案。1964年4月，南京史料整理处改隶于国家档案局 <ref>[http://www.chinanews.com/house/2014/01-22/5766917.shtml 南京二史馆老楼1936年建 现在是民国史料中心]，中国新闻网，2014-01-22 </ref> ，更名为中国第二历史档案馆。至2003年，馆藏档案932余个全宗，共计180多万卷。

中国第二历史档案馆设有保管处、利用处、整理编目处、史料编辑处、研究室（民国档案杂志社）、[[技术]]处、[[信息]]化处和全国民国档案资料目录中心等业务机构，专门从事民国档案的收集、保管、保护、整理、编目、接待利用和编研出版等工作，结合缩微复制、数字化扫描等手段，对馆藏档案进行研究、开发与利用。编辑出版了包括中华民国史档案资料汇编、丛刊、丛书在内共200余种10亿字的档案史料 <ref>[https://www.meipian.cn/2fa0fn19 用档案告诉你，70年前开国大典的台前幕后]，美篇，2019-09-30</ref> ，并创办了《民国档案》[[杂志]]。接待了包括港、澳、台在内的全国各地和美、日、英、法、德等[[国家]]的中外查档者60万人次以上。